Cочинения Леонтия Иерусалимского сохранились в единственной византийской рукописи XIII в., в которую вошли также сочинения Григория Нисского. Она была вывезена в Италию Виссарионом, митрополитом Никейским, в XV в. подарена библиотеке собора святого Марка в Венеции, где хранится до настоящего времени. В XVI в. с неё были сняты две независимые копии, одна из которых, сделанная в 1552 г. Корнелием Мурмурийским, оказалась в Ватиканской библиотеке. В середине XVIII в. Антонио Бонджованни, учёный из Вероны, собирался издать и перевести части венецианской рукописи, но в результате подготовил к изданию и перевёл на латынь лишь фрагмент сочинения «Свидетельства святых», который был включён в качестве приложения в издание документов Соборов Джованни Доменико Манси. Бонджованни в подготовленном им издании подчеркнул, что не следует смешивать Леонтия Иерусалимского с Леонтием Византийским, однако Д.Д. Манси с ним не согласился. В XIX в. кардинал Анджело Маи подготовил издание ватиканской рукописи (без учёта венецианского первоисточника). При этом он правильно атрибуировал сочинения Леонтию Иерусалимскому, а не Леонтию Византийскому. Это издание было впоследствии воспроизведено в «Патрологии» Ж.П. Миня (при сохранении атрибуции этих сочинений Леонтию Иерусалимскому они были помещены среди других сочинений «Леонтиевского корпуса»). Новое издание трактата «Против монофизитов» с учётом всех имеющихся рукописей, главным образом, на основе венецианской, было осуществлено Греем (2006 г.). По вопросу о соотношении между текстами, объединёнными в этот трактат («Апориями» и «Свидетельствами святых»), высказывались разные мнения. В сохранившейся рукописной традиции «Апории» идут прежде «Свидетельств святых» и представлены вместе с ними как единое сочинение. Тем не менее, по убеждению Грея, изначально эти сочинения не были связаны в одно, и он при публикации расположил их в обратном порядке, предлагая прежде более лёгкие для восприятия и обсуждающие более широкий круг вопросов (не только догматических, но и церковно-исторических) «Свидетельства святых», а затем поместив более сложные с точки зрения богословской аргументации «Апории»; последние, как следует из их начала, относятся к спору, в котором, как полагают исследователи, участвовал Леонтий Иерусалимский. Такой порядок в расположении сочинений вызвал критические замечания в рецензиях Л.Р. Уикема и Д. Краусмюллера, считающих, что «Апории» должны идти прежде «Свидетельств святых», и полагающих, что они составляли одно сочинение. Исследователи полагают, что аргументом в пользу правоты Л.Р. Уикема и Д. Краусмюллера может служить предпоследняя, 62-я апория, где Леонтий Иерусалимский ссылается на то, что отцы «напрямую» не говорили об одной природе, «в то время как нам известно, что избранные из учителей говорят и о природах, и даже о двух [природах]». Это место исследователи рассматривают как своего рода прелюдию к «Свидетельствам святых», где приводится множество таких высказываний. По поводу соотношения друг с другом «Апорий» и «Свидетельств святых» ни относительно времени их создания, ни относительно того, составляют ли они одно целое или являются отдельными сочинениями, в современной патрологии нет единого мнения.