К середине 1930 гг. православная церковь в Литве имела 31 храм. Каунасское благочиние объединяло 11 храмов: Воскресенскую церковь, Благовещенский собор (с 1935 г.) и церковь святого апостола Андрея Первозванного в Каунасе, Преображенские церкви в Юрбаркасе и Кедайняе, Александра Невского в Кибартае, Святой Троицы в Круонисе, святителя Николая в Мариямполе, Вознесенскую в Мяркине, святителя Николая в Семелишкесе, Александра Невского в Ужусаляе, Успенскую церковь в Вевисе. Шяуляйское благочиние включало десять церквей: святых апостолов Петра и Павла в Шяуляе, Успенскую в Каунатаве, Благовещенскую в Колайняе, Успенскую в Мажейкяе, святого Александра Невского в Жемайчю-Науместисе, Святой Троицы в Расейняе, святого Александра Невского в Скуодасе, святых Виленских мучеников в Таураге, святителя Николая в Тельшяе, преподобного Сергия Радонежского в Векшняе. Панявежское благочиние включало десять церквей: Воскресенскую в Панявежисе, Александра Невского в Аникщяе, архангела Михаила в Биржае, святителя Николая в Гегобрасте, Покровскую в Интурке, святого Александра Невского в Рокишкисе, Святой Троицы в Укмярге, преподобного Сергия Радонежского в Утяне, святителя Николая в Ужпаляе, Преображенскую в Зарасае. Приходы многих храмов были малочисленными, священники окормляли по несколько общин. В декабре 1936 г. власти Литвы решили перенести благочиннический Петропавловский собор в Шяуляе из центра города на кладбище; в сентябре 1938 г. на православном кладбище Шяуляя был освящён новый храм. Для помощи малоимущим митрополит Елевферий (Богоявленский) благословил создание благотворительных обществ. В 1924 г. при кафедральном соборе было организовано ковенское женское Мариинское благотворительное общество, содержавшее детский приют. Мариинское общество также оплачивало обучение в гимназии детей из бедных семей, выдавало пособия вдовам, старикам и инвалидам, заботилось о заключённых в тюрьмы православных. В 1939 г. общество содержало приют на сорок детей и богадельню на 14 человек, денежные пособия выплачивались 41 семье. Работа общества поддерживалась государством. 7 января 1928 г. было учреждено Ковенское похоронно-благотворительное братство имени преподобного Серафима Саровского. В конце 1920 гг. были созданы Фонд православной епископии и Фонд имени патриарха Тихона (1 января 1938 г. объединены в Фонд имени патриарха Тихона). На средства фондов были отремонтированы церкви в Аникщяе, Кибартае, Мариямполе, Мяркине, Рагуве, Семелишкесе, Укмярге, Ужусаляе, Вилкавишкисе. В 1927 г. по благословению митрополита Елевферия (Богоявленского) во все русские школы были разосланы учебники Закона Божия, составленные настоятелем кафедрального собора в Таллинне протоиереем Иоанном Богоявленским. Вильно и Гродно были основными центрами протеста против автокефалии Польской церкви. В Вильно были сильны соборные традиции, деятельность Виленского архиепископа Феодосия (Феодосиева) вызывала неприятие у многих представителей церковной интеллигенции, которые стремились сохранять верность Московскому патриархату и архиепископу Елевферию (Богоявленскому).