После переворота в декабре 1926 г., когда к власти пришёл лидер националистической партии Антанас Сметона, экономическое положение православных несколько улучшилось. Им были возвращены три храма, при поддержке властей построены семь. Правительство выделило значительные средства на возведение Благовещенского кафедрального собора в Каунасе рядом с Воскресенской церковью, строительство завершилось в 1935 г. (освящён 22 сентября 1935 г.). Настоятели десяти приходов получали пособие из государственного бюджета, жалованье выплачивалось также архиепископу Елевферию (Богоявленскому). В 1927–1939 гг. православной церкви в Литве ежегодно из бюджета выделялось около 46 тыс. лит. Дополнительно на Каунасские богословские курсы, организованные архиепископом Елевферием (Богоявленским) для подготовки кандидатов в священство (действовали в 1930–1932 гг.), выделялось по 30 тыс. лит в год. Курсы окончили 8 человек, из них семь стали священниками, один – псаломщиком. В 1928 г. архиепископ Елевферий (Богоявленский) и епархиальный совет получили из Московской патриархии «Удостоверение» от 14 мая 1928 г., подтверждающее их статус в разделённой Литовской епархии. В документе устанавливалась преемственность епархии, возглавляемой архиепископом Елевферием (Богоявленским), по отношению к дореволюционной Литовской епархии и преемственность Литовского епархиального совета по отношению к бывшей Литовской консистории. О состоянии Литовской епархии в 1928 г. говорилось: «Юрисдикция Литовского архиепископа должна простираться на все православные приходы, находящиеся на территории Литовского государства». Осенью 1928 г. архиепископ Елевферий (Богоявленский) получил приглашение патриаршего местоблюстителя митрополита Сергия (Страгородского) прибыть в Синод и лично доложить о положении православной церкви в Литве и Польше. 28 ноября 1928 г. в Москве Елевферий (Богоявленский) был возведён в сан митрополита Литовского и Виленского. В соответствии с постановлением Синода от 28 ноября 1928 г. митрополиту Елевферию (Богоявленскому) предоставлялось право «все дела, касающиеся его епархии и восходящие на утверждение Патриархии, вершить на месте, донося о состоявшихся решениях в годовом отчёте о состоянии епархиальных дел, а в случае нужды и немедленно». Таким образом, Литовская епархия получила права полусамостоятельной митрополии. В 1936 г. в связи с 25-летием служения в архиерейском сане митрополит Елевферий (Богоявленский) был награждён правом предношения креста за богослужением. В том же году глава православной церкви в Литве получил высшую государственную награду – орден Литовского великого князя Гедимина первой степени. В конце 1936 г. митрополит Елевферий (Богоявленский) получил право мироварения. После Первой мировой войны в Литовской епархии использовали сохранившееся или привезённое из России св. миро, затем архиепископ Елевферий (Богоявленский) обращался за св. миром к Рижскому архиепископу Иоанну (Поммеру) и к митрополиту Евлогию (Георгиевскому), когда тот состоял в общении с Русской церковью.