14 мая 1922 г. премьер-министр Литвы Эрнестас Галванаускас подписал постановление о признании деятельности десяти православных приходов: в Каунасе, Кедайняе, Калайняе, Панявежисе, Расейняе, Скуодасе, Жемайчю-Науместисе, Тельшяе, Укмярге, Ужусаляе. Часть ранее открывшихся приходов была включена в состав перечисленных как филиальные (приписные). Клиру этих приходов были установлены оклады из государственного бюджета. В 1921–1924 гг. возродилось ещё 14 приходов: вторая община в Каунасе, в Аникщае, Интурке, Юрбаркасе, Каралишкисе, Каунатаве, Кибартае, Мяркине, Семелишкесе, Шяуляе, Ужпаляе, Векшняе, Вевисе, Зарасае. При православном Скорбященском храме, построенном в 1917 г. в поместье дворян Корецких в селе Михнове Виленского воеводства (ныне село Микнишкес Шальчининкского района), была учреждена женская община милосердия. Приход при храме возродился в феврале 1921 г., но община не была преобразована в монастырь. Как «церковная сельскохозяйственная коммуна» община в Микнишкесе существует до настоящего времени. На заседании епархиального совета в Вильно 25 июня – 8 июля 1921 г. было принято решение учредить духовное правление в Каунасе. 7–8 сентября 1921 г. в Каунасе прошёл Собор духовенства и мирян Ковенской Литвы, избравший пять членов церковного правления. Руководство Литвы не признало новый церковный орган. 16 сентября 1921 г. на заседании Литовского епархиального совета в Вильно было принято решение предоставить Воскресенской кладбищенской церкви в Каунасе статус кафедрального собора. Несмотря на то что по Версальскому договору (28 июня 1919 г.) границы Польской Республики были установлены без Срединной Литвы (с центром в Вильно), которая должна была отойти Литовской Республике, польские войска в октябре 1920 г. оккупировали Виленский край. 18 апреля 1922 г. Срединная Литва официально вошла в состав Польши, была образована особая административная единица – Виленская земля, переименованная 22 декабря 1925 г. в Виленское воеводство. После оккупации начались попытки отрыва Литовско-Виленской епархии от Московского патриархата как в Срединной, так и в Ковенской Литве. Литовские власти не разрешали епископу Елевферию (Богоявленскому) въезд в Литву. В декабре 1920 г. архиерей послал священника виленской церкви Александра Невского протоиерея Понтия Рупышева посетить приходы Ковенской Литвы. На территории епархии закрывались православные монастыри. В Ковенской Литве покинутый насельниками и разрушенный во время Первой мировой войны древний Сурдегский мужской монастырь власти передали католикам (монастырь никогда не принадлежал католической церкви). Чудотворная Сурдегская икона Божьей Матери раньше была вывезена в Россию (24 мая 1921 г. вернулась в Литву, с 1926 г. икона полгода находилась в Каунасе, полгода – в Панявежисе). В 1917 г. у православных изъяли Пожомский Успенский мужской монастырь. Католикам был передан Кронский монастырь. На землях, которые отошли Польше, в 1919 г. был упразднён Борунский Покровский мужской монастырь в Ошмянском повяте, монастырский собор преобразовали в костёл. В 1919 г. римо-католикам был передан почти весь виленский Свято-Троицкий мужской монастырь, братия которого переселилась в виленский Свято-Духов монастырь.