6 февраля 1923 г. архиепископ Елевферий (Богоявленский) прибыл в Каунас. 14–16 февраля состоялось епархиальное собрание, на котором присутствовали 12 священников, три псаломщика и 13 представителей от приходов. Был избран Литовский епархиальный совет при архиепископе Литовском, Виленском и Ковенском, совет возглавил протоиерей Евстафий Калисский. Православные приходы в Литовской Республике были разделены на три благочиния: Каунасское, Панявежское, Шяуляйско-Тельшяйское. Возобновлено издание «Литовских епархиальных ведомостей» (с 1924 г. – «Голос Литовской православной епархии»). 20 мая 1923 г. были подписаны «Временные правила, нормирующие отношения православной Церкви в Литве к литовскому правительству». В процессе разработки документа некоторые священники (например, Николай Савицкий, автор перевода «Литургии Иоанна Златоуста» на литовский язык) поднимали вопрос о постепенном переходе в богослужении на литовский язык. Было решено, что это внутреннее дело церкви; в дальнейшем литовские власти во внутренние дела церкви не вмешивались. К 17 сентября 1923 г. православных христиан, согласно переписи, в Литве было 22 925 человек (1,13% населения Литовской Республики): 18 020 русских, больше 3 тыс. белорусов, 1750 литовцев. В то же время в Литве жило 31,8 тыс. старообрядцев. В Каунасе проживала пятая часть всех православных страны – 4329 человек, в том числе большинство представителей интеллигенции православного вероисповедания, оказавшихся в Литве после эмиграции из России (в частности, в Каунасском университете имени Витовта Великого преподавал Лев Платонович Карсавин). Архиепископ Елевферий (Богоявленский) придерживался позиции лояльности Литовскому государству, в вопросе о принадлежности к Московскому патриархату проявлял твёрдость. Православные в Литовской Республике в 1920–1930 гг. стали заложниками политики дерусификации. Газета «Žemaičiø prietelius» 15 января 1931 г. писала: «Мы не хотим, чтобы нашу страну «украшали» чуждые своим духом и целями постройки и памятники ненавистников литовцев, хотевших их лишить национальности и обрусить». Острая полемика развернулась вокруг огромного кафедрального собора святых апостолов Петра и Павла в центре Каунаса. После Первой мировой войны собор был передан Министерству охраны края. Радикально настроенные политические деятели призывали разрушить собор и воздвигнуть вместо него «Памятник нации», позднее предлагалось разобрать храм. Собор сохранился, но не был возвращён православным. В 1920 гг. у православных было отнято не меньше полторы тысячи га земли, все лесные угодья, озёра, хозяйственные постройки, приходские дома, некоторые церкви. Католики вернули себе 14 бывших костёлов, ставших в XIX в. православными храмами. 12 бывших армейских церквей были закрыты или отошли католикам. Переход ещё 15 бывших православных церквей католикам объяснялся тем, что после войны православных в Литве осталось немного. Приходские общины не могли иметь в собственности более 80 га земли. Право на приобретение земли имели приходы с не менее чем 2 тыс. прихожан; такой приход в Литовской Республике был один – в Каунасе. С 1930 г. до 4 га земли получили все «старинные приходы».