В тот же день митрополит Георгий (Ярошевский) издал распоряжение об упразднении Литовского епархиального совета и учреждении вместо него Виленской духовной консистории. Правительство Литвы дважды выступало в Лиге Наций с протестом против действий польских властей. В начале февраля 1923 г. польские власти выслали архиепископа Елевферия (Богоявленского) в Литву. С октября 1922 г. по 8 февраля 1923 г. Виленской епархией управлял митрополит Георгий (Ярошевский), с февраля 1923 г. по 2 мая 1923 г. – Луцкий епископ Алексий (Громадский; с 21 апреля 1923 г. – архиепископ Гродненский и Новогрудский). 2 мая 1923 г. главой Виленской епархии был назначен архиепископ Феодосий (Феодосиев) с титулом «Виленский и Лидский». 5 января 1923 г. по рекомендации митрополита Георгия (Ярошевского)  Министерство вероисповеданий и просвещения Польши издало указ о включении приходов бывшей Срединной Литвы в состав Виленской епархии и о распространении на них «Временных правил» от 20 января 1922 г. Подготовка к автокефалии, введение григорианского календаря в богослужение и другие события 1922–1923 гг. волновали паству и духовенство Виленской епархии. 20 октября 1922 г. был уволен с должности ректора Литовской духовной семинарии противник автокефалии Вячеслав Васильевич Богданович, тогда же был закрыт журнал «Литовские епархиальные ведомости», редактором которого был В.В. Богданович. В 1923 г. за критику действий митрополита Георгия (Ярошевского) из Польши выслали преподавателя Виленской духовной семинарии Владимира Климентовича Недельского, соратника В.В. Богдановича. Незадолго до этого, 3 января 1923 г., митрополит Георгий (Ярошевский) написал в Министерство вероисповеданий и просвещения Польши письмо, где жаловался, что В.В. Богданович и сенатор Николай Семёнович Серебренников ездят с антипольской агитацией не только по Виленскому воеводству, но и по Волынскому и что в финансовом плане они «зависимы от большевиков» (Государственный архив Брестской области). Православное население перестало посещать храмы в те дни, когда совершались праздничные богослужения по новому стилю. В связи с этим польское Министерство исповеданий и народного просвещения 30 мая 1924 г. издало указ об обязательности принятия православным населением «нового счисления времени»; над клириками, отказавшимися служить по новому стилю, было установлено наблюдение. Во избежание народных волнений на заседании польского Синода в Почаеве 16 августа 1924 г. было решено разрешить богослужение как по старому, так и по новому стилю. В Польше стремились устранить любые напоминания о литовском прошлом Виленского края. Восстановленный со временем Литовский епархиальный совет был переименован в Виленский. Возобновившая свою деятельность в Вильно Литовская духовная семинария (размещалась в одном из корпусов упразднённого виленского Свято-Троицкого монастыря) была переименована в Виленскую. Ректорами Виленской духовной семинарии были: архимандрит Филипп (Морозов; 1922–1924), епископ Антоний (Марценко; 1924–1925 гг.), протоиерей Николай Тучемский (1926–1939 гг.). В 1926 г. в Виленской духовной семинарии обучались 163 студента, из них 118 были из Виленской епархии. Виленскую духовную семинарию в межвоенный период окончили митрополит Василий (Дорошкевич), митрополит Леонтий (Бондарь), архиепископ Вениамин (Новицкий), архиепископ Викторин (Беляев), архиепископ Константин (Хомич), священномученик Серафим (Шахмуть), протоиерей Николай Демьянович, протопресвитер Виталий Михайлович Боровой, профессор Московской духовной академии Дмитрий Петрович Огицкий. В Вильно было женское духовное училище, впоследствии преобразованное в женскую гимназию.