В 1922 г. храм в Торокани перешёл к приехавшим из Львова базилианам для возрождения в нём монастыря. В апреле 1924 г. епископ Юргис Матулайтис получил от Конгрегации восточных церквей полномочия на организацию в своей архиепископии приходов новоучреждённого «византийско-славянского обряда» (неоунии). В этих условиях деятельность украинских базилиан в Торокани стала невостребованной, по этой причине, а также из-за обвинений в украинской агитации базилианская «миссионерская станица» из Торокани в 1925 г. была отозвана. Первый в Виленской архиепархии неоуниатский приход был основан в марте 1925 г. в селе Дзикушки (ныне Дикушки Лидского района Гродненской области) Виленским епископом Юргисом Матулайтисом, который назначил настоятелем общины отпавшего от православной церкви священника Марка Ячиновского. В августе 1925 г. православные силой вернули себе храм в Дзикушках. 25 июля 1925 г. был основан неоуниатский приход в местечке Альбертин при учреждённом не позднее декабря 1924 г. центре иезуитов восточного обряда. Большой резонанс имело пребывание в неоунии в 1925–1927 гг. бывшего ректора Виленской духовной семинарии архимандрита Филиппа (Морозова). В Вильно было несколько неоуниатских приходов. Первый храм неоуниатов был создан при бывшем костёле августинианского монастыря в 1928 г. Вскоре в Вильно появилась неоуниатская община монахинь Пресвятого Сердца Иисуса. Новые приходы в Виленском воеводстве не позднее 1929 г. были открыты в сёлах Илия и Поставы. Их настоятелями стали священники, перешедшие из православия в католичество. В 1939 г. в Виленской архиепархии существовали шесть неоуниатских приходов: Пресвятого Сердца Иисуса при коллегии иезуитов восточного обряда в местечке Альбертин, при приписной к нему миссионерской станции иезуитов восточного обряда в Вильнюсе, храмы в селе Сынковичи, местечке Зельвяны, селе Фасты и местечке Бытень. Были зарегистрированы четыре монашеские общины восточного обряда (с 14 монахами и 8 монахинями): монастырь иезуитов в Альбертине, миссионерская станция иезуитов в Вильнюсе; женские обители: сестёр-миссионерок Пресвятого Сердца Иисуса в Вильнюсе и миссионерская станция той же конгрегации в Альбертине, в которых преобладали монахини белорусского происхождения. В 1932 г. по инициативе протоигумена Альбертинского монастыря Владимира Пионткевича иезуиты начали регулярно совершать богослужения на белорусском языке в Альбертине и в Сынковичах. В 1938–1939 гг. католический Виленский митрополит Ромуальд Ялбжиковский провёл реорганизацию в неоуниатских приходах с целью их укрепления и активизации прозелитизма среди православных. Иначе развивалась неоуниатская деятельность в Литовской Республике.