Апофеоза кампания по ополячиванию православной церкви достигла в 1938–1939 гг. 18 ноября 1938 г. высшими должностными лицами государства был подписан «Внешний устав Польской автокефальной Церкви». Устав усилил зависимость православной церкви от светской власти и содержал обоснование полонизации церкви. В конце 1938 г. в разных городах Польши появились отделения основанной в 1935 г. в Белостоке организации «Поляки православного исповедования». При поддержке местных властей эти объединения осуществляли полонизацию православных приходов. «Общество православных поляков» в Вильно с 1 января 1939 г. издавало журнал «Dwutygodnik prawosławny». Православный епископат в Польше пополнился двумя поляками. 12 ноября 1938 г. в Почаевской лавре были пострижены в монашество вдовые протоиереи Георгий Шреттер и Константин Семашко, 13 ноября они были возведены в сан архимандрита. 27 ноября состоялась хиротония Тимофея (Шреттера) во епископа Люблинского, викария Варшавско-Холмской епархии. На следующий день Матфей (Семашко) был поставлен епископом Браславским, викарием Виленской епархии. Православная паства настороженно встретила новых архиереев. Бискуп Матеуш, как его называли в народе, должен был проводить полонизацию непокорной Виленской епархии, он фактически отстранил архиепископа Феодосия (Феодосиева) от управления кафедрой. В защиту православия регулярно выступали сенаторы В.В. Богданович и Н.С. Серебренников. В.В. Богданович сравнивал гонения на православную церковь в Польше с гонениями в СССР. В августе – начале сентября 1939 г. прошли аресты ряда общественных деятелей национальных меньшинств. В числе арестованных были В.В. Богданович, несколько православных священников, отправленных в концентрационный лагерь Берёза-Картуска (современный город Берёза, Брестская область Белоруссии). К январю 1939 г. в Виленском воеводстве насчитывалось 156 православных священнослужителей (из них 113 белорусов, 35 русских, пять поляков), 290 390 верующих, согласно официальным данным. Действовали 119 православных приходов (98 самостоятельных и 21 «филиальный» приход), 208 храмов и 43 часовни. Также к Виленской епархии относилось 53 храма на территории северных повятов Новогрудского воеводства: Воложинского, Лидского, Столпецкого и Щучинского, в которых проживало около 200 тыс. православных. Всего в Виленско-Лидской епархии насчитывалось 172 храма и 170 священников, около 504 тыс. верующих, из которых большинство проживало в Глубокском, Вилейском, Молодеченском и Дисненском округах. В 1930 гг. в зале кафедрального Успенского собора в Вильно по воскресеньям проводились духовные вечера, собиравшие большое число людей, участвовали духовенство и прихожане города. Последним крупным церковным торжеством в Вильнюсе перед началом Второй мировой войны стало принесение 4 августа 1939 г. в Александро-Невский храм, ставший собором Марие-Магдалинского монастыря, доставленных из Почаевской лавры икон святой Марии Магдалины и преподобного Иова Почаевского с частицами мощей.