Тогда же был запрещён в священнослужении архимандрит Филипп (Морозов; лишён сана в 1925 г. за переход в католичество, в 1927 г. вернулся в православную церковь), отправлен на покой один из руководителей белорусского национального движения священник Александр Ковш, уволенный с должности настоятеля Никольского храма в Вильнюсе, где его сменил протоиерей Лука Голод. 23 апреля 1940 г. архиепископ Феодосий (Феодосиев) создал при себе временный епископский совет. 22 мая 1940 г. архиерей обратился к Константинопольскому патриарху Вениамину I (1935–1946 гг.) с посланием, в котором писал, что он перешёл в юрисдикцию Московской патриархии в связи «с тяжёлыми военно-политическими переживаниями». Архиепископ Феодосий (Феодосиев) просил вновь принять его и его церковь «как автономную в церковном отношении под благодатную защиту и каноническую юрисдикцию Вселенского Патриархата». Архиепископа Феодосия (Феодосиева) поддержали протоиереи Иосиф Дзичковский и Василий Беляев, священник Александр Ковш. Вскоре Литовская Республика перестала существовать как самостоятельное государство. 3 августа 1940 г. была образована Литовская ССР, вошедшая в СССР. 31 декабря 1940 г. скончался митрополит Литовский и Виленский Елевферий (Богоявленский). Указом митрополита Сергия (Страгородского) 27 февраля 1941 г. управляющим Литовской епархией был назначен архиепископ Сергий (Воскресенский) с возведением его в сан митрополита. Архиепископ Феодосий (Феодосиев) был запрещён в служении. 24 февраля 1941 г. был образован Патриарший экзархат Латвии и Эстонии, его главой назначен митрополит Литовский и Виленский Сергий (Воскресенский). Экзарх жил в Риге, Вильнюс был второй кафедрой Экзархата. Фактически с того времени Литовско-Виленская митрополия утратила статус митрополичьей области и стала частью Экзархата РПЦ, созданного для трёх советских республик Прибалтики (в 1944 г. Экзархат был разделён на епархии в границах Прибалтийских республик). С началом немецкой оккупации архиепископ Феодосий (Феодосиев) и архимандрит Филипп (Морозов) организовали и зарегистрировали в Вильнюсе общину, оппозиционную по отношению к митрополиту Сергию (Воскресенскому). В конце 1941 – начале 1942 гг. их община поддерживала контакты с Варшавским митрополитом Дионисием (Валединским), который предложил в декабре 1941 г. немецким властям проект создания автономных церквей на Украине, в Белоруссии и Литве под его руководством как кириарха. Группа архиепископа Феодосия (Феодосиева) не нашла поддержки среди верующих, чему в немалой степени способствовали восстановление весной 1942 г. Ковенского викариатства Литовской епархии и назначение на него Даниила (Юзвьюка). Архиепископ Феодосий (Феодосиев) скончался 20 ноября 1943 г. (по другим данным, в конце 1942 г.). В оккупационный период Вильнюс сохранял значение важного церковного центра. В 1942–1944 гг. при вильнюсском Свято-Духовом монастыре действовали пастырско-богословские курсы, которые в 1944 г. окончили 44 человека. Ректором курсов был протоиерей Василий Виноградов, в марте 1944 г. его сменил протоиерей Иосиф Дзичковский. В Вильнюсе была учреждена «Внутренняя миссия Прибалтийского экзархата».