В результате введения в сентябре 1939 г. в Польшу войск фашистской Германии, затем войск СССР Польское государство было разгромлено. Советский Союз передал Виленский край Литовской Республике. Литовская епархия воссоединилась с той её частью, которая находилась в составе ПАПЦ. 13 октября 1939 г. митрополит Елевферий (Богоявленский) обратился с посланием к пастве по случаю возвращения Вильнюса в Литовское государство. Послание заканчивалось словами: «Теперь... перед нашим каноническим сознанием стали каноническое право и долг возвратиться в наш кафедральный град... и восстановить в нашем сердце разрушенное единство нашей паствы, а через нас – спасительное единение с нашей Патриаршею Церковью». 16 октября в кафедральном Благовещенском соборе в Каунасе состоялось торжественное богослужение по поводу воссоединения епархии. 21 октября митрополит утвердил постановление епархиального совета о присоединении к Московской патриархии священнослужителей православных приходов и монастырей Вильнюса и Вильнюсской области. В нём говорилось о том, что все церковно-административные учреждения Вильнюса и Вильнюсской области упраздняются, священно- и церковнослужители должны подать митрополиту Елевферию (Богоявленскому) «письменные просьбы о зачислении их в юрисдикцию Московской Патриархии». 30 октября в Вильнюсе прошло собрание духовенства, которое возглавил прибывший из Каунаса глава Литовского епархиального совета протоиерей Василий Недвецкий. Собрание постановило просить митрополита Елевферия (Богоявленского) принять от всех клириков раскаяние в грехе отчуждения от Матери Российской Церкви и ходатайствовать перед патриархией о принятии в ограду Матери Церкви. 2 ноября 1939 г. митрополит Елевферий (Богоявленский) прибыл в кафедральный Успенский собор в Вильнюсе, где приветствовал паству. Затем он посетил Свято-Духов монастырь, откуда 17 лет назад был выслан польскими властями. 4 ноября митрополит Елевферий (Богоявленский) совершил литургию в Успенском соборе. 5 декабря 1939 г. состоялось первое после воссоединения митрополии заседание Литовского епархиального совета, на котором были рассмотрены прошения духовенства о принятии их в юрисдикцию Московской патриархии. Было решено присоединить следующих священнослужителей Вильнюса: протоиереев Н. Рогальского, И. Ярмолюка, Н. Кульчицкого, Л. Савицкого, В. Беляева, Ф. Шипицу, Н. Тучемского, Б. Борисевича, иереев А. Ковша, А. Нестеровича, А. Керковича, Н. Демьяновича, М. Старикевича, диаконов В. Давидовича, А. Мурашко, С. Захарчука, Моисеева, насельников мужского Свято-Духова монастыря: архимандрита Савватия (Сергиевича), архимандрита Иону (Андрианова), игумена Никодима (Подрезова) и других иноков, игуменью женского Мариинского монастыря Нину (Баташову) с сёстрами. Кроме того, в общение были приняты клирики-беженцы Виленской епархии. Архиепископ Феодосий (Феодосиев) принёс покаяние в грехе отпадения от Матери Церкви; он был отправлен за штат, жил на покое в Свято-Духовом монастыре.