В октябре 1918 г. католическим епископом Виленским был назначен литовец Юргис Матулайтис (Ежи Матулевич). Виленская епархия к тому времени была суфраганией Могилёвской митрополичьей архиепархии. У Юргиса Матулайтиса возник конфликт с клиром Вильно, где доминировали поляки. Если архиерей положительно относился к властям независимой Литвы, был сторонником примирения Польши с Литвой и сохранения единства Виленской епархии, то Виленская кафедральная капитула и Виленская епархиальная семинария были настроены антилитовски, почти все польские священники в Вильно активно боролись против независимости Литвы, выступая за присоединение к Польше. К началу 1922 г. вследствие ревиндикаций в Виленском, Белостокском и Новогрудском воеводствах (в пределах Виленской архиепархии) были отняты у православных и обращены в костёлы, по меньшей мере, 54 бывших римско-католических или униатских храма (в первой половине XIX в. относились к православным Виленской или Гродненской епархиям). Иногда у православных отнимали и те храмы, которые были построены на месте бывших костёлов или униатских церквей (в первой половине XIX в. относились к православной Виленской или Гродненской епархиям). В собственность римо-католиков перешли бывшие монастыри базилиан: Раковский, Друйский, Вольнянский. В результате земельной реформы 1922 г. католическая церковь в Литве получила значительную часть недвижимости, утраченной ею в результате конфискации правительством Российской империи. В 1923 г., несмотря на требования властей Литвы, Ватикан не стал выделять шесть деканатов бывшей Виленской архиепархии, отошедших в 1920 г. Литве, в отдельную епархию, создав для них генеральное викариатство при архиепископе Виленском. В феврале 1925 г. Ватикан заключил конкордат с Польшей, по которому Виленское архиепископство было причислено к Польской церковной провинции, Виленский епископ Юргис Матулайтис по требованию польских властей был отозван. В марте 1925 г. литовцы в знак протеста разгромили резиденцию папского нунция в Каунасе. Ватикан был вынужден пойти на уступки и создал для Литвы отдельную апостольскую администрацию. 4 апреля 1926 г. в пределах Литовской Республики папа Римский образовал Литовскую церковную провинцию (митрополию) с центром в Каунасе, упразднив ранее существовавшую Жямайтскую (Жмудскую) епархию. Действовала также апостольская администрация для бывших деканатов Виленской архиепархии, отошедших от Польши Литве в 1920 г. Тогда же в составе Литовско-Каунасской митрополии были образованы четыре суфраганные епархии с центрами в Кайшядорисе, Панявежисе, Тельшяе и Вилкавишкисе. В сентябре 1927 г. был подписан конкордат Литвы с Ватиканом.