В столице после этого началась смута. Находившийся под влиянием Нестория император Феодосий смотрел на дело его глазами. В своей секретной грамоте Кириллу Александрийскому он обвинил его в том, что тот «произвёл смятение и разделение в церквах» и вызывал на Собор почти как подсудимого, хотя в сакре не было сказано ровно ничего о том, что самого Александрийского епископа император считал, по меньшей мере, одной из споривших сторон. Несторий полагал, что с объявлением Вселенского собора все постановления в Риме сведены к нулю, и дело должно быть рассмотрено заново. Но Кирилл полагал, что Вселенскому собору остаётся лишь завершить то, что (согласно с православным учением) было постановлено на Римском соборе. Поскольку Целестин выполнение этого постановления возложил на Кирилла, как на своего представителя, то Кирилл в Эфесе действовал как «занимающий место святейшего Целестина Римского», следовательно, как естественный первенствующий член Собора. На своего уполномоченного император возложил обязанности заботиться о мирном ходе соборных заседаний, но не вмешиваться в предмет совещаний (в догматические вопросы). Но вопрос, от этого ли уполномоченного зависит открытие Собора, был оставлен без ответа. Возникал также вопрос, как быть уполномоченному, если окажется, что в указный срок соберутся не все епископы? И действительно, оказалось невозможным открывать Собор потому, что запоздали не только восточные, но и некоторые западные епископы. Но в сакре не было и намёка на то, что делать, если случится подобная вещь. При рассуждениях об открытии Собора произошло разделение, и Кандидиану пришлось столкнуться с разногласиями отцов Собора. Как представитель столицы, он должен был смотреть на дело глазами Нестория. Поэтому когда произошло разногласие, он решил ждать Иоанна Антиохийского, которому было разрешено явиться с опозданием в Константинополе. Когда отцы явились в церковь св. Марии, Кандидиан вместе с меньшинством епископов объявил протест, на что последовало возражение, что отцы Собора действуют на основании сакры, а на что опирается Кандидиан, они не знают. Но тут Кандидиан сделал промах: прочитал сакру, в которой ему поручалось заведование только внешней стороной Собора, и которая должна быть прочитана при открытии Собора. Он думал, что его послушают, но отцы объявили, что Собор открыт и что они просят, чтобы Кандидиан не вмешивался в богословские прения. Тот ушёл, не оставив акта, и об этом ничего не узнали бы, если бы не малый Собор Иоанна Антиохийского, на котором и было открыто об этом. После того как отцы остались одни в храме, был зафиксирован факт отсутствия Нестория, и было заявлено, что ещё накануне его приглашали, и он ответил: «Подумаю, и если сочту нужным, то приду». Было послано второе письменное приглашение, на которое последовал ответ: «Явлюсь, когда прибудут и все другие епископы». На третье не последовало никакого ответа, т.к. присланные не могли его передать Несторию, дом которого был окружён стражей. Тогда они решили рассмотреть дело  Нестория в его отсутствие. Был прочитан Никейский символ (как непреложная норма православия), затем второе послание Кирилла к Несторию (отцы заявили, что оно вполне согласно с учением святых отцов), затем прочитано ответное послание Нестория (отцы заявили, что оно несогласно с православной верой).