Несколько отцов заявили, что из разговоров с Несторием они вынесли убеждение, что он и до сих пор держится своих заблуждений и даже учит хуже прежнего. Затем были прочитаны отрывки из святых отцов о воплощении и выдержки из проповедей Нестория. Было прочитано и послание Кирилла с 12 анафематизмами, но голосование относительно этого послания на первом заседании не произошло. После всей процедуры, когда убеждения Нестория были признаны достаточно разъяснёнными, отцы Собора лишили его епископского и священнического сана. Мотивами приговора были отказ Нестория прибыть на Собор и нечестие его учения. Было уже темно, когда приговор состоялся и был объявлен народу. Эфесяне торжественным шествием с факелами праздновали его низложение. Но это был не такой суд, чтобы Несторий мог оставить его без протеста. Первое приглашение на Собор 21 июня застало его неподготовленным: ему нужно было подумать, идти ли ему. Принято было решение: требовать отсрочки до прибытия Иоанна Антиохийского, иначе явиться на Собор лишь в том случае, когда пригласит Кандидиан. Но представитель императора не считал собрания 22 июня законными, и поэтому Несторий мог видеть только наивность или лукавство, когда второе приглашение Собора было мотивировано тем, что священная воля императора требует, чтобы отцы немедленно приступили к обсуждению догматического вопроса. Один из чиновников Кандидиана от имени Нестория передал посланным его твёрдое решение не являться на Собор до прибытия всех епископов (эти первые два приглашения были переданы Несторию не как обвиняемому, а как одному из отцов Собора). Несторий понимал, что как только он явится на Собор, начнётся суд над ним. Тем не менее, формальность не была соблюдена: лишь последнее предписание было адресовано к нему как обвиняемому, но оно не дошло до Нестория. Следовательно, юридических поводов для протеста было немало, и Несторий, как только его известили о решении Собора, отправил свой протест государю, передавая своё дело на суд законного Собора и прося, чтобы в этом Соборе с каждым митрополитом было не более двух епископов (15 митрополитов и все другие сторонники Нестория подписали это его послание). Через три дня прибыл Иоанн Антиохийский, отцы Собора отправили ему извещение, чтобы он не вступал в общение с низложенным Несторием. Однако Иоанн Антиохийский с окружавшими его восточными епископами отнёсся к этому как к вопиющему беззаконию (нарушению канонов) и в тот же день объявил Кирилла и епископа Эфеса Мемнона (без всяких канонических формальностей) лишёнными сана, а отцов Собора – отлучёнными впредь до раскаяния. Иоанн ответил тем, что собрал свой «Соборник» не менее чем из 43 членов и, не входя в общение с Несторием, выслушав отчёт Кандидиана о первом заседании Собора, низложил Кирилла и Мемнона, как главных вождей незаконного деяния 22 июня, «низложившего Нестория без суда и следствия», а прочих членов объявил вне общения, пока они не отступятся от Кирилла и Мемнона и не перейдут к нему. Некоторые из митрополитов и епископов, протестовавшие против открытия Собора 22 числа, перешли на сторону Кирилла (неизвестно, в какое время, может быть, даже после прибытия Иоанна, под впечатлением его первого дня). Но, во всяком случае, не менее 34 епископов (не считая Нестория) представляли эту группу восточных иерархов, которая имела формальное право титуловать себя «Святым Собором Восточного диоцеза и епархий: Вифинии, Писидии, Пафлагонии, Каппадокии второй, Европы, Родопы, Фессалии и Дакии». При такой численности они не считали своего дела погибшим.