Раздражённый им, Кирилл с великим множеством народа идёт к иудейским синагогам, … – и синагоги у них отнимает, а самих изгоняет из города, имущество же их отдаёт народу на разграбление. Таким образом, иудеи, жившие в городе со времён Александра Македонского, тогда все и без ничего оставили город и рассеялись по разным странам («Церковная история»). Для поддержки Кирилла в Александрию прибыли монахи из Нитрийской пустыни. Настроенные против Ореста, считая префекта, крещёного архиепископом Константинополя, язычником, они напали на римского чиновника. Его охрана бежала, сам префект был ранен монахом Амоннием камнем в голову. По приказу выжившего Ореста монах был казнён, на что Кирилл ответил признанием Амонния мучеником и похоронил его с почётом. В александрийской городской политике принимала участие женщина-учёный Гипатия (370–415 гг.), которая имела большое влияние на префекта Ореста. Это обстоятельство вызывало постоянные трения с епископом Кириллом, т.к. христианская община считала Гипатию виновной в возникшей в итоге смуте. В 415 г. группа египетских христиан, сторонников епископа Кирилла, напала на Гипатию и убила её. До позднейшего времени обвинение в подстрекательстве параболан (корпорация санитаров) к убийству тяготело на Кирилле Александрийском. Оно было опровергнуто лишь в 1881 г. исследованием католического учёного Коппалика. Впрочем, как у некоторых современников тех событий, так и у современных исследователей возникали сомнения в причастности христиан к этому убийству, т.к. по форме оно напоминало обычное языческое жертвоприношение. Сократ Схоластик пишет, что убийство Гипатии людьми «с горячими голосами под начальством некоего Петра… причинило немало скорби и Кириллу, и александрийской церкви, ибо убийства, распри и всё тому подобное совершенно чуждо мыслящим по духу Христову». Несмотря на это утверждение Сократа Схоластика, позднейшие авторы вину за смерть Гипатии часто возлагают именно на Кирилла Александрийского. Так, в сборнике «Реформаторы церкви» (1970 г.), наряду с упоминанием Кирилла как одного из величайших святых, отмечается: «Он, по крайней мере, морально, ответствен за подлое убийство благородной язычницы Ипатии». Ф. Тиннефельд замечает: «Можно быть уверенным, что благородная и высокообразованная женщина была самой знаменитой жертвой фанатичного епископа». Российский историк и этнограф Пётр Фёдорович Преображенский (1894–1941 гг.) отмечает: «…Христианская церковь чувствовала некоторую неловкость за кровавую расправу с Ипатией. Приходилось тщательно выгораживать Кирилла Александрийского, чтобы снять с этого признанного авторитета клеймо погромщика… По странной иронии судьбы Кирилл, этот ревностный и неутомимый борец за достоинство христианской Богоматери, как Девы и Матери не человека, а именно Бога, оказался идеологическим вдохновителем гнусного растерзания девушки, правда, „языческой“». Такую же версию поддерживают ряд других источников. Так, русский советский филолог и культуролог Сергей Сергеевич Аверинцев (1937–2004 гг.) отмечал, что Гипатия могла быть принята за мага, что и стало причиной её смерти: «Одного нельзя сказать ни о смерти Сопатра, ни о смерти Максима (философы-неоплатоники), ни даже о много более трагической и несправедливой смерти Ипатии: нельзя сказать, что суеверные современники по невежеству приняли учёных за магов. Учёные сами выдавали себя за магов, и притом с глубоким внутренним убеждением. Конечно, они были жертвами суеверия, однако того суеверия, которое сами обосновывали и распространяли. Чем они не были, так это мучениками науки. В лучшем случае, они были мучениками языческой религии». Протоиерей Александр Владимирович Мень (1935–1990 гг.) отмечал, что «Кирилл не был непосредственным виновником этих преступлений, но нитрийцы ссылались на его авторитет». Российский исследователь Александр Леонидович Дворкин (род. в 1955 г.) в «Очерках по истории Вселенской Православной Церкви» указывает на отсутствие документальных источников, подтверждающих версию об ответственности Кирилла Александрийского за гибель Ипатии: «Многие историки обвиняют в этом Кирилла, но нет ни малейших доказательств того, что это убийство произошло с его ведома и одобрения. Скорее всего, нет, ибо, при всём своём горячем темпераменте, он был против ничем не спровоцированного самосуда толпы». В 1935 г. Международный астрономический союз присвоил имя Кирилла Александрийского кратеру на видимой стороне Луны.