В каникулы (сентябрь 1534 г.) Франциск Ксаверий под руководством Иньиго Лойолы прошёл духовные упражнения – систему молитв, медитаций и испытаний, с помощью которой человек должен был «определить божественную волю в устройстве своей жизни ради спасения души». Преодолев страхи и немощь, осознав, что смысл жизни заключается в служении Богу, человек должен был «победить самого себя» (para vencer a si mismo) и принять осознанное решение немедленно отречься от мира и следовать за Христом. Раскаиваясь в прежнем легкомыслии и привязанности к суетным вещам, Франциск Ксаверий сурово истязал себя. Несмотря на то что многие считали Иньиго Лойолу и его последователей сектантами и подозревали их в ереси, те заручились поддержкой многих преподавателей университета. Иньиго Лойола, получив степень магистра философии (14 марта 1535 г.), из-за проблем со здоровьем решил вернуться в Испанию. Франциск Ксаверий вручил ему письмо для брата (Хуана де Аспилькуэты), в котором рекомендовал Иньиго Лойолу как праведника и своего духовного наставника. После отъезда Иньиго Лойолы члены его кружка во главе с Пьером Фавром продолжали изучать богословие и библейские комментарии отцов церкви, участвовали в студенческих диспутах. К ним присоединились уроженец Савойи Клод Ле Же, пикардиец Пасказ Броэ и провансалец Жан Кодюр. Осенью 1536 г. все они стали готовиться к отъезду из Парижа: они, в том числе Сальмерон и Бобадилья, изучавшие философию под руководством Франциска Ксаверия, получили магистерские дипломы или справки о том, что прослушали полуторагодичный курс богословия. Тем временем Мигель де Хавьер и Хуан де Аспилькуэта, узнавшие от Иньиго Лойолы о намерениях брата, были этим обеспокоены и добились для Франциска Ксаверия бенефиция в соборном капитуле Памплоны. Однако Франциск Ксаверий, получив извещение от каноников собора, отклонил предложение. Из-за военных действий между французским королём и императором (Итальянские войны) короткий путь в Италию через Прованс и Пьемонт был закрыт, поэтому будущим членам Ордена иезуитов пришлось выбрать другой маршрут, по Лотарингии и германским землям. Утром 15 ноября 1536 г. Франциск Ксаверий и его товарищи покинули Париж. Опасаясь, что их сочтут шпионами (среди членов кружка были подданные как императора, так и французского короля), они выдавали себя за паломников. В Базеле путешественники увидели последствия Реформации: убранство церквей было уничтожено, в соборе находилась канатная фабрика, а протестанты заговаривали с путниками, убеждая их отречься от католического учения. Зимнее путешествие по германским землям оказалось трудным: не зная немецкого языка, они часто сбивались с дороги, а протестанты пытались вовлечь их в богословские споры. После Констанца путешественники вновь шли по католическим землям; перейдя через Альпы, спустились в Италию, и 8 января 1537 г. достигли Венеции, где встретились с Иньиго Лойолой.