В Болонье проповеди Франциска Ксаверия произвели впечатление на Хуана Херонимо Доменека, каноника собора в Валенсии, который решил присоединиться к последователям Лойолы, отказавшись от намерения продолжить образование в Париже. Впоследствии Хуан Доменек вспоминал, что Франциск Ксаверий уже тогда говорил о своём желании проповедовать христианство в «Индии». В начале лета 1538 г. Ксаверий получил указание Лойолы присоединиться к направлявшимся в Рим Бобадилье и Ле Же. Там Лойола и его сподвижники приняли предложение папы Павла III остаться в Италии, заявив о готовности выполнить любое повеление понтифика. Последователи Лойолы проповедовали в римских церквах, принимали исповедь и давали желающим духовные советы, стремясь привлечь новых сторонников (в декабре 1538 г. папа велел всем римским студентам посещать их проповеди). Во время голодной зимы 1538/1539 гг. они заботились о стекавшихся в Рим нищих, предоставляли им приют в своём доме и собирали для них пожертвования. Однако Франциск Ксаверий и его товарищи страдали от последствий нищенской жизни и бродяжничества. Так, Родригиш стал свидетелем нервного припадка Франциска Ксаверия, который сопровождавшегося кровотечением. Впоследствии, прощаясь с Родригишем в Лиссабоне, Франциск Ксаверий рассказал, что ему постоянно снились кошмары, и он даже во сне молился, чтобы Бог послал ему как можно больше трудностей и испытаний. Весной и летом 1539 г. после длительного обсуждения Лойола и его сторонники решили основать Общество Иисуса, целью которого было служение Богу и католической церкви проповедью и совершением добрых дел, и определили основные принципы его организации. Папа Павел III одобрил проект устава, представленный ему кардиналом Гаспаро Контарини. Однако в Римской курии были и противники нового Ордена, прежде всего, папский секретарь кардинал Джироламо Гинуччи и авторитетный канонист кардинал Бартоломео Гвидиччони. Поддержку Лойоле и его последователям оказал Педру Машкареньяш, представитель португальского короля Жуана III при папском дворе. В августе 1539 г. король поручил ему подобрать способных проповедников для работы в португальских колониях в Азии и указал на кружок Лойолы, членов которого рекомендовал ему Дьогу ди Говея. Педру Машкареньяш должен был заручиться согласием папы Римского и пригласить их в Португалию. В феврале 1540 г. он получил согласие папы Павла III забрать в Португалию несколько учеников Лойолы. Однако тот согласился послать только двух человек, Родригиша и Бобадилью. 4 марта присутствовавшие в Риме Лойола, Ксаверий, Ле Же, Кодюр, Родригиш и Сальмерон подписали соглашение о том, что члены Общества Иисуса, где бы они ни находились, должны были выполнять решения, принятые их коллегами в Риме. После этого Родригиш отправился в Португалию морем.