30 июня 1521 г. французы и их наваррские союзники потерпели поражение в битве при Ноаине. Мигель де Хавьер и Хуан де Аспилькуэта с родственниками бежали во Францию, оставив Франциска Ксаверия в замке Хавьер на попечении матери и тёти. В Наварре бежавших заочно приговорили к смерти за государственную измену, но по условиям капитуляции крепости Фуэнтеррабия (1524 г.) братья Франциска Ксаверия получили амнистию и вернулись в Хавьер. Как младший отпрыск дворянского рода, Франциск Ксаверий должен был сделать выбор между военной и церковной карьерой. Исследователи полагают, что на его решение получить университетское образование повлиял пример отца и родственников – канониста Мартина де Аспилькуэты («Наваррского доктора») и Ремиро де Гоньи, главы соборного капитула Памплоны. Скорее всего, как полагают исследователи, в июле 1522 г. в Памплоне Франциск Ксаверий принял тонзуру и стал клириком. Осенью 1525 г. он прибыл в Париж и поступил в университетский коллеж святой Варвары (Сент-Барб), где изучал грамматику и философию. Ближайшим другом Франциска Ксаверия стал его сосед по комнате Пьер Фавр (1506–1546 гг.), по происхождению крестьянин из Савойи. В 1529 г. в их комнате поселился Иньиго де Лойола, который вскоре уговорил нескольких студентов бросить учёбу, раздать имущество бедным и просить подаяние, чтобы подражать Христу в нищете (из-за этого его подозревали в ереси). Исследователи полагают, что Франциск Ксаверий стал бакалавром философии примерно в то же время, что и Пьер Фавр (10 января 1529 г.); сдав экзамены на степень лиценциата, Франциск Ксаверий и Пьер Фавр получили право преподавать в университете (15 марта 1530 г.). Вскоре Франциск Ксаверий стал магистром философии и в сентябре 1530 г. занял место преподавателя в коллеже Дорман-Бове. По настоянию Иньиго Лойолы Пьер Фавр продолжил образование на теологическом факультете; его примеру последовал Франциск Ксаверий, который надеялся получить доходный бенефиций в Наварре (он просил старшего брата Мигеля ходатайствовать перед Ремиро де Гоньи о его принятии в соборный капитул Памплоны). Нуждаясь в средствах, Франциск Ксаверий прибегал к помощи Иньиго Лойолы, который приобрёл известность как проповедник аскезы и получал щедрые пожертвования от испанских купцов. Иньиго Лойола призывал всех знакомых к самоотречению и подражанию Христу, чтобы освободиться от мирских забот и спасать души людей. Вскоре вокруг Иньиго Лойолы сложился кружок единомышленников. Франциск Ксаверий долго отказывался присоединиться к нему, но следовал рекомендациям Иньиго Лойолы в выборе преподавателей. В Парижском университете в этот период шла борьба приверженцев католической ортодоксии схоластической системы образования с последователями Эразма Роттердамского, многие из которых сочувствовали Реформации или придерживались протестантизма. Конфликт усугублялся противоречивыми действиями короля Франциска I, враждовавшего с императором Карлом V, который представлял себя ревностным защитником католической веры.