После прибытия в Венецию члены парижского кружка Иньиго Лойолы стали работать в городских больницах как санитары и священники. Пьер Фавр, Ксаверий и Лайнес трудились в госпитале Святого Духа для неизлечимых больных. Ухаживая за сифилитиками, Франциск Ксаверий стремился преодолеть физическое отвращение и страх заразиться, привыкал к самоотречению и суровым условиям жизни. 16 марта 1537 г. 12 учеников Иньиго Лойолы без денег и припасов, рассчитывая кормиться подаянием, покинули Венецию и отправились в Рим. Путешествие оказалось трудным: некоторые товарищи отказались следовать за Иньиго Лойолой, а оставшиеся страдали от болезней и лишений. 25 марта, в Пальмовое воскресенье, они прибыли в Рим. Папский советник Педро Ортис помог им получить аудиенцию у папы Римского Павла III, которая состоялась в пасхальный вторник (3 апреля) в замке Святого Ангела. Проверив их знания, понтифик разрешил им принять рукоположение и совершить паломничество, но предупредил о назревавшем конфликте с турками (по договору с королём Франции султан Сулейман I готовил вторжение в Италию). В конце апреля 1537 г. паломники отправились в обратный путь. Несмотря на помощь, обещанную венецианским дожем Андреа Гритти, из-за обострения конфликта с турками плавание по Средиземному морю стало невозможным, и Иньиго Лойола решил остаться в Венеции на год, ожидая улучшения обстановки. 24 июня 1537 г. Винченцо Нигузанти, епископ Арбе (ныне Раб, Хорватия), совершил пресвитерское рукоположение будущих членов Ордена иезуитов, а папский легат кардинал Джироламо Вералло разрешил им служить во всех городах Венецианской республики. Ученики Иньиго Лойолы проводили время в молитвах и медитации, кормились подаянием и проповедовали в разных местах. В августе-сентябре 1537 г. Ксаверий и Сальмерон жили в заброшенной капелле святого Георгия в Монселиче. Из-за начавшейся войны между турками и венецианцами и вторжения турок в Апулию путь на Святую землю был закрыт. Ксаверий и Сальмерон поселились вместе с Лойолой, Фавром и Лайнесом в заброшенном монастыре Сан-Пьетро-ин-Вивароло близ Виченцы; там Франциск Ксаверий впервые совершил мессу. Вскоре он тяжело заболел. В этот период его товарищи решили отказаться от паломничества в Святую землю, разойтись по городам, проповедовать и помогать больным, а также привлекать сторонников в сообщество клириков, получившее название «Общество Иисуса» («Compagnia di Gesù»). Ксаверий и Бобадилья отправились в Болонью. Они проповедовали на городских площадях, посещали больных и принимали исповедь, убеждали людей как можно чаще исповедоваться и причащаться. Франциск Ксаверий прославился как строгий подвижник и образцовый духовник; его указаниям следовала группа почитателей, они регулярно исповедовались и принимали причастие (эта группа стала прообразом благочестивых братств мирян, которые впоследствии создавали иезуиты).