Во второй половине XIX в. французский иезуит Леонар Жозеф Мари Кро обнаружил в архивах Франции, Испании и Португалии сведения о жизни Франциска Ксаверия в Европе и об истории его семьи, а также о его почитании в Наварре. Леонар Жозеф Мари Кро опубликовал лишь первую часть труда о Франциске Ксаверии, основанного на этих документах (впоследствии он составил популярную биографию миссионера, в которой использовал найденные им источники). Многочисленные материалы о Франциске Ксаверии были опубликованы в серии «Памятники истории Общества Иисуса» («Monumenta Historica Societatis Iesu»; с 1894 г.). Так, в сборник «Monumenta Xaveriana» вошли письма современников миссионера и материалы опросов свидетелей. На этих источниках основано жизнеописание Франциска Ксаверия, составленное иезуитом Александром Бру, первым исследователем, который приступил к «демифологизации» образа Франциска Ксаверия. В XX в. изучение биографии Франциска Ксаверия продолжил немецкий иезуит Георг Шурхаммер (1882–1971 гг.). Во время работы в Индии он получил исцеление от мощей Франциска Ксаверия (1910 г.) и посвятил жизнь изучению его деятельности. Работая с материалами Римского архива Общества Иисуса, Георг Шурхаммер установил, что многие сведения о Франциске Ксаверии неточны или ошибочны. Составленная им популярная биография Франциска Ксаверия была переведена на ряд языков. С 1932 г. по поручению руководства Общества Иисуса исследователь работал в архивных собраниях, выявил множество новых материалов о Франциске Ксаверии, посетил почти все места, где он жил и проповедовал. Георг Шурхаммер опубликовал ряд источников и исследований по истории стран Южной и Восточной Азии в эпоху португальской колонизации, о деятельности христианских миссионеров в XVI в., о почитании Франциска Ксаверия и т.д. В сотрудничестве с иезуитом Йозефом Викки Георг Шурхаммер подготовил новое издание сочинений Франциска Ксаверия (1944, 1945 гг.); впоследствии Йозеф Викки опубликовал свод источников по ранней истории миссии иезуитов в Индии, среди которых были материалы, связанные с деятельностью Франциска Ксаверия («Documenta Indica». 1948–1972 гг.). В 1955 г. Георг Шурхаммер начал публикацию жизнеописания Франциска Ксаверия, над которым работал вплоть до кончины. На этом труде, который получил высокую оценку исследователей, основаны все современные работы о Франциске Ксаверии. Во второй половине XX в. исследователи сосредоточились на изучении отдельных аспектов личности и деятельности Франциска Ксаверия, например, на реконструкции «психологического портрета» миссионера, на его восприятии народов Азии и их культурных особенностей, на роли Франциска Ксаверия в «диалоге культур», на его отношении к европейской колониальной экспансии и т.д. В отличие от Георга Шурхаммера, который избегал давать оценки действиям Франциска Ксаверия, современные учёные пытаются описать его личность и определить мотивы его поступков. Многочисленные исследования посвящены почитанию Франциска Ксаверия, его отражению в литературе и искусстве, а также использованию образа «нового апостола» и «героического миссионера» в иезуитской пропаганде.