Но Бобадилья, вернувшийся в Рим из Неаполитанского королевства, был тяжело болен, и посланник потребовал назначить ему замену. 14 марта Лойола заявил Франциску Ксаверию, что намерен поручить ему миссию в Азии (Esta es vuestra empresa), и тот ответил: «Что ж, вот я!» (Pues, sus! Héme aquíí). В тот же день Франциск Ксаверий получил благословение папы и попрощался со знакомыми. Утром 15 марта он подписал документы, в которых подтвердил данные им обеты бедности, целомудрия и послушания (perpetua obedientia, pobreza y castidad), одобрил любые решения руководителей Общества Иисуса, принятые в его отсутствие, и заявил, что на выборах настоятеля отдаст голос за Лойолу, а в случае его кончины – за Фавра. В тот же день Ксаверий вместе с Машкареньяшом покинул Рим. В Болонье по поручению Лойолы Франциск Ксаверий получил согласие папского легата кардинала Бонифачо Ферреро помочь в утверждении Общества Иисуса. После встречи с Лайнесом и Доменеком в Парме он направился через Пьяченцу и Турин к альпийскому перевалу Мон-Сени. Во время перехода через горы Ксаверий спас секретаря посланника, едва не упавшего в пропасть. Впоследствии агиографы утверждали, что Франциск Ксаверий во время путешествия через Наварру отказался встретиться с матерью и братом, передав им, что они увидятся на небесах. По мнению Шурхаммера, португальский посланник спешил в Лиссабон и не хотел терять время, а родственники Франциска Ксаверия не знали о его присутствии в Наварре. В июне 1540 г. посланник Машкареньяш и Ксаверий остановились в родовом имении Лойолы близ Аспейтии (провинция Гипускоа, Испания). Вскоре путешественники прибыли в Лиссабон. С середины XV в. столица Португалии была крупнейшим центром морской торговли со странами Африки и Азии. После открытия Васко да Гамой морского пути в Индию (1497–1498 гг.) португальцы развернули военную и торговую экспансию на берегах Индийского океана. Король Жуан III (1521–1557 гг.), получивший прозвище Благочестивый, способствовал распространению христианства и подавлял «врагов веры» как в Португалии, так и за пределами страны. В годы его правления ужесточилась политика по отношению к «новым христианам» (евреям, насильно обращённым в христианство), была учреждена инквизиция, велись военные действия против мусульман в Марокко и в Южной Азии. Иезуитам пришлось задержаться в Лиссабоне, т.к. корабли в Индию отправлялись только раз в год. Король поручил Ксаверию и Родригишу наставлять в вере придворных пажей (при королевском дворе воспитывались сыновья дворян), но иезуиты расширили сферу деятельности: они принимали исповедь у придворных и аристократов, проводили духовные беседы с членами королевской семьи. Вскоре они установили доверительные отношения с влиятельными людьми, в том числе с инфантом кардиналом Энрики, главой трибунала инквизиции.