На самых ранних изображениях Франциск Ксаверий представлен как худощавый человек с высоким лбом, тёмными волосами и короткой бородой, одетый в простую сутану тёмного цвета. Его взгляд устремлён на сияющую эмблему Общества Иисуса, помещённую в одном из верхних углов, обеими руками миссионер приоткрывает на груди сутану, под которой виднеется светлая нижняя рубашка. В 1622 или 1623 г. для алтаря Франциска Ксаверия в церкви Иль-Джезу (ныне в Ватиканской пинакотеке) Антонис ван Дейк выполнил масштабное полотно (высотой 3,5 м): Франциск Ксаверий, облачённый в чёрную сутану, представлен быстро идущим на фоне дикой природы; его взор устремлён к небу, откуда исходит сияние, а ангелы возлагают на его голову венок из роз и подносят ему лилию (символ целомудрия). Движение Франциска Ксаверия, открывающего сутану на груди, указывало на его готовность принять в сердце пламя веры. Исследователям известны многочисленные вариации этой иконографии. Так, на портрете работы японского мастера Франциск Ксаверий держит перед грудью своё пламенеющее сердце, в котором утверждён крест с распятым Христом (первая четверть XVII в.; Городской музей, Кобе). Широкое распространение получили сцены чудес Франциска Ксаверия и его проповеди язычникам. На заалтарном образе, выполненном для иезуитской церкви святого Игнатия Лойолы (ныне освящена во имя католического святого Карла Борромео) в Антверпене, Питер Пауль Рубенс совместил оба мотива: Франциск Ксаверий, подобно статуе, стоит на пьедестале на фоне архитектурного пейзажа в античном духе и обращается к европейцам, азиатам и африканцам. Среди внимающих его проповеди – больные, которые надеются получить исцеление. На заднем плане фигуры рогатых языческих богов падают и разбиваются под льющимся с неба светом (около 1617 – 1618 гг.; Музей истории искусств, Вена). В 1670 гг. картина Антониса ван Дейка в Иль-Джезу была заменена работой Карло Маратты «Кончина святого ранциска Ксаверия». В нижней части полотна представлен Франциск Ксаверий, возлежащий на подстилке из сена; он одет в белый суперпеллиций поверх тёмной сутаны, рядом лежат распятие и раскрытая книга; вокруг миссионера столпились взволнованные португальцы и азиаты. В верхней части картины ангелы возносят душу Франциска Ксаверия на небеса. Под влиянием популярной в барочном искусстве темы апофеоза праведника возникли мотивы «солнце Востока» («o Sol do Oriente») и «владыка морей» («o Príncipe do Mar»). Миссионера представляли как героя, торжествующего над мраком язычества и невежества, подчинившего силы природы подвигами, которые превосходили человеческие силы. Так, на одной из тридцати картин, иллюстрирующих жизнь и чудеса Франциска Ксаверия, святой запечатлён подобно Нептуну восседающим посреди моря на троне-раковине и окружённым представителями языческих народов (середина XVIII в.; базилика Нуэстра-Сеньора-де-ла-Мерсед, Кито, Эквадор). На гравюре филиппинского мастера Николаса де ла Круса Багая Франциск Ксаверий пересекает море на колеснице Нептуна. Основные места паломничества, связанные с почитанием Франциска Ксаверия, – базилика Бон-Жезуш в Гоа, церковь Иль-Джезу в Риме и замок Хавьер в Наварре. К 500-летию со дня рождения Франциска Ксаверия (2006 г.) была восстановлена капелла на месте первоначальной могилы миссионера на острове Шанчуаньдао. Франциск Ксаверий считается покровителем Азии, ряда стран (Индия, Индонезия, Китай, Малайзия, Пакистан, Япония) и городов, а также автономной области Наварра (Испания).