В первом послании воевода благодарил старца за присланные книги, высказывался по догматическим вопросам; в конце письма жаловался на собственные беды и напасти. Во втором послании содержалась резкая критика деятельности Ивана IV Васильевича Грозного и духовных властей. В третьем послании А.М. Курбский упрекал старцев за то, что стал жертвой их наветов и за отказ предоставить ему денежную ссуду. Лаконичность и противоречивость источников дают исследователям основания для разных интерпретаций мученической кончины святого. В статье 7077 (1570) г. «Псковской первой летописи» (список Михаила Андреевича Оболенского) рассказывается о разгроме Новгорода и приезде Ивана IV Васильевича Грозного в Псков, который царь «восхотѣ разорити»; Корнилий во главе псковского духовенства встречал царя и служил молебен в Троицком соборе. Согласно преданиям, из Пскова Иван Грозный отправился в Печерский монастырь. Корнилий вышел ему навстречу с крестом, разгневанный царь отсёк ему голову, тут же раскаялся, поднял тело Корнилия и на руках понёс его к Успенскому собору; эта дорога в монастыре зовётся «кровавый путь» (пересказ предания приводится во многих изданиях; вариант этого предания: Корнилий идёт за царём, держа в руках отрубленную голову, и умирает только после раскаяния Ивана Грозного). По сведениям А.М. Курбского, Корнилий и Вассиан (Муромцев) были раздавлены «орудием мучительским» («Библиотека литературы Древней Руси», том 11). Во вкладной книге Печерского монастыря 1558 г. записан только день памяти Корнилия – 20 февраля В «Повести» 1580 гг. сообщается, что Корнилий «от тлѣннаго сего жития земным царем предпосланъ къ небесному царю в вѣчное жилище в год зимы, в лѣто 7078-е, февраля въ 20-й день, лѣтом сыи яко 69» (Российский государственный архив древних актов. Собрание Московского государственного архива Министерства иностранных дел; то же в редакциях Повести XVII в.: «Библиотека литературы Древней Руси», том 13; эта же надпись была и на древней раке Корнилия). Исследователи не сомневаются в сообщении «Повести», созданной печерским иноком Григорием в то время, когда ещё были живы современники Корнилия. В «Описании о российских святых» XVIII в. отмечено, что «святый преподобный Корнилий, игумен Успения Пресвятыя Богородицы Псковския пещеры, усечен бысть от царя Иоанна Васильевича в лето 7078 февраля в 20 день» (Российская национальная библиотека). Таким образом, о монастыре как о месте мученической кончины Корнилия сообщается только в преданиях; из письменных источников исследователям неясно, казнил ли царь Корнилия лично, или игумен был «усечен» по его приказу. Исследователям известно, что Иван Грозный раскаивался в смерти игумена: в царском Синодике с имени Корнилия начинается перечень казнённых им псковичей.