По словам печерского инока Григория, автора «Повести о Псково-Печерском монастыре» 1580 гг., игумен «постническим пребыванием мнихом собою образ бывъ ко спасению» (Российский государственный архив древних актов). Корнилий был строгим и требовательным духовным наставником. В послании архиепископа Новгородского Феодосия к Корнилию говорится, что печерский игумен изгнал из обители старца Савватия, несмотря на его просьбы о прощении («Дополнения к Актам историческим»,  том 1). Из текста исследователям не совсем ясно, о каком проступке монаха идёт речь. Исследователи полагают, что дело касалось нежелания богатых вкладчиков следовать строгому уставу обители. Во времена Корнилия в обители была собрана обширная библиотека. Благодаря печерским книжникам «Слово о погибели Русской земли» сохранилось в двух сборниках (конца XV в. и середины XVI в.) из монастырской ризницы. На монастырской службе при Корнилии действовало «Уложение о ектении», принесённое в Печерский монастырь «от Афонскыа Горы… кир иеромонахом Левкиею Каппадокиянином в лето 7060 девятого», что свидетельствует о широких книжных связях монастыря (Российская национальная библиотека). За время игуменства Корнилия Печерский монастырь был отстроен фактически заново и приобрёл свой современный архитектурный облик. В 1538 г. на печерском подворье в Пскове игумен построил церковь в честь иконы Божьей Матери «Одигитрия», богадельню и трапезную. Деревянную церковь во имя сорока мучеников Севастийских перенесли за стены монастыря, и на её месте возвели трапезный храм в честь Благовещения Пресвятой Богородицы (1540 г.), который расписали в 1547 г. (в алтаре есть надпись плохой сохранности: «...Благовещения в лета 7056... сентября Богородицы... повелением благоверного... и при игумене Корнильи...»). В 1540–1550 гг. завершилось строительство Большой звонницы. В 1558–1565 гг. вокруг монастыря была сооружена мощная стена с башнями общей протяжённостью больше 700 м, превратившая обитель в настоящую крепость. В период строительства крепостных стен возведена церковь во имя Николая Чудотворца (Николы «вратного»), ставшая не только культовым, но и важным фортификационным сооружением (о завершении строительства крепостной стены сообщается в Повести 1580 гг., Российский государственный архив древних актов). При Корнилии удлинили улицы в монастырских пещерах, был перестроен и расписан Успенский собор (в 1970 г. раскрыты фрески алтарной преграды придела во имя святых Антония и Феодосия Киево-Печерских, датируемые 1560 гг. Деятельность Корнилия имела широкое государственное значение.