В 1492 г. монастырь и город были оккупированы англичанами. Аббат Пьер д'Отрель (ум. в 1506 г.) бежал в Париж и вернулся вместе с войсками Карла VIII в 1493 г. Он восстановил аббатство и начал строительство готической монастырской церкви на месте разрушенного в конце XIV в. романского храма. C 1522 г. в аббатстве был введён режим комменды. Временному оживлению монашеской жизни способствовало включение Корби в конгрегацию св. Мавра (1618 г.). В 1636 г. аббатство захватили испанские войска. Но когда французы после длительной осады вернули контроль над Корби, аббата и монахов обвинили в измене, а библиотеку опечатали. Чтобы предотвратить разорение книжного собрания, мавристы обратились к кардиналу Арману Жану дю Плесси де Ришелье с просьбой перевезти самые ценные рукописи в аббатство Сен-Жермен-де-Пре. В 1638 г. около 400 древнейших книг, отобранных Жеромом Ансельмом Ле Мишелем, были отправлены в Париж. В это время началось изучение рукописного наследия Корби, большую роль в этом сыграл маврист Мабильон, который провёл несколько лет в обители в качестве насельника. Строительство новой монастырской церкви св. Петра, заложенной в начале XVI в., вскоре было прервано и возобновилось лишь в конце XVII в. (окончено в 1740 г.); длина храма составляла 117 м, высота башни над средокрестьем (со шпилем) – 90 м. Также в XVIII в. были полностью реконструированы другие здания. Однако в августе 1790 г. остававшиеся в Корби 17 или 18 монахов были изгнаны, церковь была передана приходу, а в 1793 г. закрыта. Богослужения возобновились в 1801 г. в часовне при бывшей монастырской больнице; значительная часть зданий аббатства была продана на слом. В 1807 г. муниципалитету было предложено снести оставшиеся строения и расчистить место для нового храма. В 1810 г. произошло обрушение стен и сводов церкви, но проекты реконструкции были отвергнуты из-за дороговизны. К 1816 г. разрушились трансепт, хор и башня над средокрестьем; неф храма восстановили, 8 марта 1818 г. в нём начались богослужения. Однако уничтожение отдельных частей бывшей монастырской церкви продолжалось и после этого (так, в 1822 г. была уничтожена одна из капелл). Книжное собрание монастыря было разделено между библиотеками Парижа, Амьена и Сакнт-Петербурга, отдельные рукописи попали в другие европейские библиотеки. В Санкт-Петербурге оказались рукописи, похищенные в 1791 г. из библиотеки аббатства Сен-Жермен-де-Пре и выкупленные в 1792 г. библиофилом Петром Петровичем Дубровским, секретарём-переводчиком русского посольства во Франции, который в 1805 г. передал их в основанное им «депо манускриптов» императорской Публичной библиотеки (ныне Российская национальная библиотека). Оставшиеся рукописи из собрания аббатства Сен-Жермен-де-Пре, пострадавшего от пожара в 1794 г., вскоре были переданы в Национальную библиотеку в Париже; там же с 1803 г. хранятся наиболее ценные рукописи из оставшейся части библиотеки Корби, в годы Французской революции вывезенной в Амьен. Другие манускрипты в Амьене долгое время хранились ненадлежащим образом, в первой половине XIX в. многие рукописи были утеряны; собрание удалось спасти усилиями Ж. Гарнье. Всего сохранилось больше двухсот манускриптов, происходящих из Корби. Основная часть документов монастырского архива находится в архивах департамента Сомма (Archives départementales de la Somme) и департамента Нор (Archives départementales du Nord).