В ответном письме от 14 марта 1912 г. наряду со своими опубликованными работами В.А. Кожевников посылал перечень написанных работ, остававшихся в рукописях: «Борьба религиозного мировоззрения с светско-гуманистическим в период Возрождения» (два тома), «Преобладание теологического духа в европейской культуре до половины XVII в.», «Отношения между наукою и верою, от Реформации до конца XVIII в.», «Скептики и вольнодумцы XVII в.», «История отношений философии к теологии (разума к вере) в картезианский период», «Религиозная критика от Реформации до конца XVII в.», «Значение Лейбница в истории религиозного рационализма», «Протестантский пиетизм конца XVII и половины XVIII вв.», «Протестантское сектантство («сепаратизм») в XVII и XVIII столетиях» (две части: «Мистики и сепаратисты», «Брат[ская] община»), «Английские либеральные богословы XVII в.», «Влияние Локка на секуляризацию философской мысли и на отношения разума к вере», «Английские деисты», «Влияние Юма на развитие философского и религиозного рационализма», «Французские «философы» XVIII в.», «Вольтер и его школа», «Немецкое просвещение XVIII в.», «История учений о веротерпимости от Реформации до Революции XVIII в.», «Вера в чудесное и демоническое в XVII и XVIII столетиях», «Обмирщение этики и права в XVII и XVIII столетиях», «Развитие педагогических учений от Возрождения до Революции (применительно к процессу секуляризации культуры)», «Развитие исторической и религиозной критики в XVIII в.», «Реакция против рационализма», «Шотландская философия» (не окончено), «Философия чувства и веры. том 2: Якоби в его отношениях к «просвещению» XVIII в. и к критической философии», «История восточного вопроса и его культурно-историческое значение (до падения Константинополя)» (доведено до конца Флорентийской унии), «Очерки современного католицизма (Политический католицизм во Франции, католицизм в Австрии, «социальный» католицизм в Италии, современные взгляды на папскую власть)», «Религия человекобожества по Фейербаху и Конту», «Чтения об Игнатии-Богоносце и его посланиях», «Очерки древнехристианской нравственности в противопоставлении с еврейскою и языческою по некоторым памятникам ранней христианской письменности», «По мёртвым городам и музеям Римской Африки», «Значение Лессинга в истории перехода от рационализма XVIII в. к историческому критицизму», в том числе этюды: «Влияние открытия Нового Света на нравственные и религиозные убеждения общества Возрождения», «Развитие чувства природы в период Возрождения», «Историческая и политическая народная поэзия времён Возрождения», «Душевная драма Микель-Анджело», «Власть звука: Мысли о воспитательно-образовательных задачах музыки». Этот перечень рукописей В.А. Кожевникова не мог не удивить священника П.А. Флоренского, который в следующем письме настоятельно просил В.А. Кожевникова как можно скорее издать их и обещал ему своё содействие. В конце 1912 г. в материалах «Из академической жизни», опубликованных в «Богословском вестнике», сообщалось об утверждении Синодом в звании почётных членов Московской духовной академии епископа Никона (Рождественского; 1851–1919 гг.), епископа Алексия (Дородницына; 1859–1919 гг.), Ф.Д. Самарина, М.А. Новосёлова и В.А. Кожевникова, о котором было сказано, что «его заслуги заключаются в научной разработке существеннейших вопросов христианской религии и выяснении исторических путей и судеб религии».