Вопреки требованию короля игумен Василий с насельниками (по документам исследователям известны имена двух иноков – эконома Иакова и Софрония) присоединились к «коалиции православных» с центром в Киево-Печерском монастыре, где настоятелем был ставленник князя К.К. Острожского архимандрит Елисей (Плетенецкий); его советами руководствовался и игумен Василий. В 1605–1607 гг. игумен Василий на свои средства («коштом и накладом своим») отремонтировал монастырский собор, в котором возобновились богослужения. Реставраторы предполагают, что во время работ фрески XII в. были оставлены нетронутыми, лишь «дописаны» несохранившиеся части в центральной апсиде. В этот период в соборе было устроено два престола: в центральной апсиде – во имя Святой Троицы, в южной (прежде диаконник) – во имя Кирилла Александрийского (информация о создании тогда же в жертвеннике престола в честь Собора архангела Михаила не подтверждается Киевской летописью). Освящение престолов совершил 23 апреля 1612 г. архиепископ Софийский Неофит. С этого времени монастырь стал именоваться Свято-Троицким Киево-Кирилловским. Тяжба с В. Соколовским, а затем с его наследниками продолжалась в течение нескольких лет; окончательным судебным решением от 26 апреля 1613 г. все земли возвращались в пользу монастыря; кроме того, шляхтичи должны были выплатить 1 тыс. золотых за разорение обители (Институт рукописей Национальной библиотеки Украины имени В.И. Вернадского). 26 марта 1613 г. игумен Василий смог получить новый королевский привилей на игуменство, с тем чтобы находиться «под зверхностю и благословенством архимандритов печерских» (Российский государственный архив древних актов), что продолжалось до возобновления православной иерархии Киевской митрополии в 1620 г. Игумен Василий (в схиме Варсонофий) упокоился 27 февраля 1614 г. и был погребён у правого клироса собора Кирилловского Свято-Троицкого монастыря (Институт рукописей Национальной библиотеки Украины имени В.И. Вернадского). Утверждённый королевским привилеем от 29 июля 1614 г. следующий игумен, Киприан (Жеребило-Лабунский), выходец из города Лабунь во владениях князей Острожских, ставленник архимандрита Елисея (Плетенецкого), продолжил созидание Кирилловского Свято-Троицкого монастыря. При нём, в 1620 г., обитель по пути из Москвы посетил Иерусалимский патриарх Феофан III, восстановивший православную митрополию в Киеве. Игумену Киприану пришлось в многочисленных судах отстаивать монастырские владения от посягательства на них мещан и городского магистрата, а также наместников униатского митрополита Иосифа Рутского (в этом случае монастырю помогали казаки). После кончины игумена Киприана в 1626 г. привилей на игуменство 6 февраля того же года получил его родственник, игумен Софроний (Жеребило-Лабунский). Он не признал претензии печерского архимандрита Петра (Могилы) на духовное подчинение Кирилловской обители «по старине». На долю игумена Софрония выпало продолжение судов с магистратом, князьями Корецкими, Иосифом Рутским, воеводичами Криштофовичами-Служками, полковником Яном Лянцкоронским, князьями Вишневецкими и Скуминами-Тышкевичами, которые посягали на монастырские владения.