В северо-западной башне хранились хлебные запасы, в юго-западной устроили кладовую для провизии и квасоварню с погребом. В восточной башне ворот располагалась монастырская библиотека, за ней – кельи, впоследствии монастырский музей и аптека. По сторонам от колокольни находились два внутренних двора – южный настоятельский и северный хозяйственный с трапезной. На пристани была поставлена часовня во имя Николая Чудотворца (1815 г.). В 1812 г., несмотря на отсутствие постоянных доходов, Коневский монастырь пожертвовал на нужды армии своё годовое содержание – 300 руб., а также часть серебряных вещей. Строитель иеромонах Иларион составил уставы общежительного монастыря, ставшие образцовыми. Рассмотренные и одобренные Синодом, они были напечатаны в 1824 г. Братия должна была ежедневно посещать службы, исповедоваться и причащаться во время каждого поста, а в Великий пост дважды – на первой и последней неделе; «никто из братства, не исключая и настоятеля, не может иметь ничего собственного». 26–29 июля 1818 г. обитель посетил митрополит Санкт-Петербургский и Новгородский Михаил (Десницкий). Его пребывание в Коневском монастыре стало самым длительным визитом правящего архипастыря и сопровождалось служением литургии, всенощных бдений и молебнов, проповедью и письменным утверждением устава. Митрополит передал обители 800 руб. ассигнациями на поминовение родителей. Иеромонах Иларион составил службу пpеподобному Аpсению, устроил новую раку над его мощами (1816–1817 гг.), добился включения в месяцесловы памяти преподобного и Коневской иконы (1819 г.) и увеличения (на шесть насельников) монастырского штата. При нём начали обустраивать подворье в столице. Первоначально в 1811 г. предполагалось построить часовню на Знаменской площади между Невским проспектом и Гончарной улицей, около 1820 г. – близ Александро-Невской лавры. Однако было решено поставить часовню на участках на Загородном проспекта (современный дом 7), подаренных купцами И. Козулиным и Н. Кувшинниковым в память о чудесах от Коневской иконы. Первая часовня с деревянным келейным корпусом была построена в 1821–1822 гг. 18 января – 25 марта 1825 г. по ходатайству строителя иеромонаха Иоанникия (Козьмина) Коневский монастырь был возведён в третий класс, получал от государства ежегодно 460 руб. 56 коп. серебром, затем болбше 609 руб. После 1824 г. в ссылке на Коневце находился проповедник и мистик священник Феодосий Левицкий (1791–1845 гг.). Пpи настоятеле (1825–1830 гг.) игумене Никоне (Кепишеве) был сооружён второй этаж над частью северного и южного корпусов (1827 г.). 1 февраля 1830 г. в Сретенской церкви был освящён южный придел в честь Коневской иконы Божьей Матери, устроенный тщанием майорши В.С. Кокошкиной. Она же подарила образ «Коронование Богородицы», венчавший трёхъярусный иконостас красного дерева и внесла 5 тыс. руб. ассигнациями для обеспечения ежедневного служения ранней литургии в Коневском приделе. Игумен Никон приобрёл новый колокол весом 204 пуда, отлитый в Москве на заводе Самгина, и расширил столичное подворье. При нём чудотворная Коневская икона была украшена серебряными ризами с бриллиантами и другими драгоценными камнями.