В настоящее время в Деревяницком монастыре находится церковь в честь Коневской иконы Божьей Матери (первоначально трапезная палата; 1725 г.), а в новгородской церкви апостола Филиппа хранится Коневская икона, предположительно происходящая из Деревяницкого монастыря. До окончания Северной войны Коневский монастырь находился под шведским владычеством, церковь Рождества Пресвятой Богородицы была разобрана, камень и кирпич использовались для постройки крепости и кирхи в Кексгольме (ныне Приозёрск). В 1672–1673 гг. по просьбе деревяницкого игумена Иоасафа царь Алексей Михайлович озаботился возвращением в Россию мощей преподобного Арсения. Окольничий Артамон Сергеевич Матвеев обратился по этому поводу к посланнику шведского короля Карла Х. Грамота по этому поводу патриарха Питирима, адресованная игумену Иоасафу, датирована 1672–1673 гг. К 1679 г. относится надпись на новой серебряной оправе коневской реликвии – деревянного ковша преподобного Арсения, в которой упомянут деревяницкий игумен Неффалим. Остров Коневец, отвоёванный в ходе Северной войны у шведов, был пожалован царём Петром I тайному советнику князю Якову Фёдоровичу Долгорукову в 1716 г. Однако по ходатайству деревяницкого архимандрита Иоанникия от 11 июля 1717 г. и с ведома князя, который 13 июля подтвердил это прошение, 6 мая 1718 г. царь распорядился приписать остров Коневец к Деревяницкому монастырю. Строитель иеромонах Тихон с братией возвели деревянную церковь во имя Николая Чудотворца (освятили 4 ноября 1719 г.). К этому времени на развалинах каменного храма вырос лес. Две русские семьи, жившие поблизости от Святой горы, соорудили деревянную часовню над мощами преподобного. В ней служил священник Мирон. Иеромонах Тихон занялся также восстановлением монастырского хозяйства, хотя из 15 га пашни 10 га заросли лесом. В 1718 г. была поставлена часовня для рыбаков на острове Вощаном (впоследствии приобретён Валаамским монастырём, и на нём устроен Тихвинский скит). В 1720 г. монастырь (первоначально Деревяницкий) получил Кирьевские рыбные ловли на берегу Ладожского озера, у села Чёрного (с 1727 г. – Новоладожского уезда). Около 1740 г. на Святой горе была построена часовня (во второй половине XIX в. перестраивалась); у южной стены стоял вкопанный в землю крест с датой «1740», который паломники грызли, надеясь избавиться от зубной боли. 18 января 1760 г. Новгородский митрополит Димитрий (Сеченов) по ходатайству строителя иеромонаха Игнатия (1759–1762 гг.) и по распоряжению императрицы Елизаветы Петровны прислал указ о самостоятельности Коневского монастыря. Императрица также помогла обители ликвидировать последствия пожара, пожертвовала помимо денежного вклада Евангелие в серебряном окладе, полный комплект церковных книг и облачения. С привлечением пожертвования И. Васильева, протоиерея столичного Сергиевского храма, началось строительство собора. В 1762 г. при строителе иеромонахе Тарасии (1762–1782 гг.) была возобновлена и освящена кладбищенская деревянная Никольская церковь. Исследователи полагают, что с этого времени появились захоронения в храме и на соседнем участке. Через четыре года на фундаменте старого храма был возведён каменный собор с приделами в честь Владимирской иконы Божьей Матери и во имя Трёх святителей.