С 1996 г. восстанавливается Санкт-Петербургское подворье (Загородный проспект, 7), первым настоятелем которого стал иерей Сергий Бельков (ныне протоиерей, настоятель церкви в честь Коневской иконы Божьей Матери в посёлке Сапёрное Приозёрского района Ленинградской области). 19 сентября 1997 г. была отслужена первая литургия, 27 сентября 1998 г. над зданием подворья воздвигнут крест. На реставрированном фасаде установлена Коневская икона, выполненная из кварцевого песка. С 1995 г. к монастырю был приписан также в качестве подворья Рождество-Богородицкий собор (1836–1847 гг.) в городе Приозёрске. В нём почитаются икона преподобного Арсения Коневского с частицей мощей, Коневская икона Божьей Матери и образ Рождества Пресвятой Богородицы. В 1997 г. митрополит Санкт-Петербургский Владимир (Котляров) освятил храм архиерейским чином, в 1999 г. там был установлен иконостас. В 2002–2005 гг. настоятелем Приозёрского подворья служил иеромонах (ныне епископ Армавирский и Лабинский) Игнатий (Бузин). В 2002 г. в Коневском монастыре были устроены настоятельские покои в северном корпусе при воротах и верхняя братская трапезная. 23 июля 2006 г. на Коневец из Нововалаамского монастыря была доставлена чудотворная Коневская икона. 1 марта 2007 г. принят новый устав монастыря. Число насельников возросло до 25 человек. Воссоздана часовня на Святой горе, с 2002 г. действует Казанский скит. С 2001 г. Коневский скит восстанавливается как приход Софийского (Вознесенского) собора (город Пушкин), с 2002 г. в нём совершаются богослужения. В храмах Коневского монастыря хранятся частицы мощей священномученика Иоанна Рижского, святителя Димитрия Ростовского, преподобных Антония Дымского, Александра Свирского, Герасима Болдинского и др. В 1998–2011 гг. осуществлялись работы по изготовлению и золочению иконостаса нижнего Сретенского храма (художники Николай и Наталья Богдановы, И. Корнилова), оборудована крещальня для взрослых в подклете собора. В 2008 г. построена деревянная часовня во имя св. князей Бориса и Глеба на южном берегу острова, в 2013 г. силами братии и братства св. Александра Невского – деревянная часовня-церковь св. князя Александра Невского на мысе Родушка (там же восстановлен корпус, где жили рыбаки; ныне используется для летних военно-спортивных молодёжных сборов). В 2011–2012 гг. был осуществлён ремонт Арсениевской церкви, и установлен иконостас работы греческих мастеров. Зимой 2012–2013 гг. произведена полная замена кровли на соборе, отремонтированы нижний храм собора с иконостасом и северный келейный корпус Казанского скита. После образования (решением Синода от 12 марта 2013 г.) Выборгской епархии Коневский монастырь включён в её состав. Постановлением Синода от 25–26 декабря 2013 г. епископ Выборгский и Приозёрский Игнатий (Пунин) утверждён в должности священноархимандрита Коневского монастыря. 11 сентября 2013 г. игумен Александр (Арва) принял должность наместника. 21 сентября того же года храм Рождества Пресвятой Богородицы в Приозёрске приобрёл статус кафедрального собора новоучреждённой епархии, Коневское подворье в Приозёрске прекратило свою деятельность. С июля 2013 г. Санкт-Петербургское подворье возглавляет иеромонах Давид (Алексеев). В храме находятся чтимый список чудотворного образа, а также икона преподобного Арсения с частицей мощей, имеются частицы мощей равноапостольной Марии Магдалины и Одесских святых, икона Божьей Матери «Скоропослушница», написанная в 2011 г. в монастыре Дохиар. К 2014 г. совершались ежедневные богослужения в устроенной на первом этаже церкви в честь Коневской иконы Божьей Матери.