По этой грамоте Коневский монастырь освобождался от всех обязанностей по отношению к архиепископской кафедре, от уплаты торговых пошлин при закупке в Старой Русе 70 «лубов» соли и др., а его рыбаки на Ладожском озере – от «рыбного оброка»; игумен и братия подчинялись непосредственно царскому суду. Грамота была подтверждена в феврале 1535 г., а затем в 1554 г. царём Иваном IV Васильевичем Грозным. Но игумен и братия в соответствии с нормами «Стоглава» были подчинены суду Новгородского архиепископа. Согласно писцовой книге Вотской пятины 1499–1500 гг., Коневскому монастырю принадлежали 58 деревень, в которых проживали около 400 крестьян. По размерам земельных владений (238 обеж только в погостах Корельского уезда, преимущественно в Сакульском, Ровдужском и Кирьяжском, на 1478 г. – 189, на 1500 г. – 163, на 1568 г. – 164 обжи) Коневский монастырь мог сравниться со Спасо-Преображенским Валаамским монастырём (по другим подсчётам, в Корельском уезе обители принадлежали 162, 5 обжи). Вместе с Валаамской обителью Коневский монастырь был главным оплотом православия на севеpо-западе новгородских земель, центром просвещения карел, крупным культурным центром средневековой Руси. Из Коневского монастыря происходит «Коневская Псалтиpь», украшенная «звериным» и растительным орнаментом (конец XIV – начало XV вв.; Российская национальная библиотека). Старшая из записей на рукописи свидетельствует о её принадлежности «Коневскому и Деревянницкому» монастырям, т.е. была составлена не раньше 1581 г. (по формату и оформлению это не келейная книга). Из Коневского монастыря происходит и роскошно оформленное Евангелие-апракос «в малый лист» (1523–1524 гг.), переписанное коневским монахом Закхеем (бывшим хутынским игуменом) и хранившееся в монастырской библиотеке (Российская национальная библиотека). Рукопись является вторичным вкладом в монастырь, сделанным в 1831 г. архимандритом Иларионом (Кирилловым). В обители хранилась и пелена с изображением Коневской иконы в центре, по углам – сцены «Благовещение», «Распятие», образы апостолов Петра и Павла (вторая четверть XVI в., Музей Православной Церкви в Куопио, Финляндия). В XIX в. монастырю принадлежало также новгородское Евангелие третьей четверти XV в. (Библиотека Академии Наук), написанное архаическим уставным почерком, восходящим к почеркам XIV в. В 1553 г., в пятницу Светлой седмицы, во время пожара сгорели «большая и тёплая церкви» с иконами, ограда, кельи, хлебные житницы и жалованные грамоты монастырю великих князей Ивана III Васильевича и Василия III Ивановича. Об этом исследователям известно из грамоты от 14 сентября 1554 г. Исследователи полагают, что в связи с пожаром и обретением мощей преподобного в царствование Ивана IV Васильевича Грозного возвели величественный каменный собор в честь Рождества Пресвятой Богородицы. По мнению исследователей, к этому времени относился и небольшой четырёхъярусный иконостас со сценами Жития Николая Чудотворца и чудес преподобного Арсения, впоследствии хранившийся в монастырской Никольской церкви. В 1572–1573 гг., в ходе Ливонской войны (1558–1583 гг.), шведский отряд под командованием Класа Эрикссона Флеминга разорил Корельскую землю, но Коневский монастырь был спасён – лёд треснул, и враги не смогли подойти к обители.