В 1577 г. (или около 1573 г.?) при угрозе шведского нападения мощи преподобного Арсения были положены «под спуд» у западной стены церкви Рождества Пресвятой Богородицы, слева от входа. На иконе Христа Спасителя из Коневского монастыря, позже хранившейся в надвратной церкви осташковского в честь иконы Божьей Матери «Знамение» монастыря, была надпись о чуде с неким русским пленником Афанасием Беляем, отправленным на работу в Швецию. Образ находился у хозяина Афанасия, и пленник молился перед ним. Однажды во сне Афанасию Беляю явился Спаситель и наказал отправиться вместе с иконой на Коневец. С товарищем он сумел найти судно и сподобился видения в море преподобного Арсения, который помог им избежать столкновения со шведским отрядом и в 1573 г. благополучно приплыть на Русь. В 1576 г. отмечено чудо от иконы Божьей Матери, в память о котором установлено празднование 10 июля. В 1577 (1581?) г., после захвата Коневского монастыря шведами, по указу царя Ивана IV Васильевича Грозного братия перешла в Деревяницкий в честь Воскресения Господня монастырь. После жалоб на разорение шведами монастырских владений игумен Варлаам 5 июля 1578 г. получил жалованную грамоту царя Ивана IV Васильевича Грозного на податные и судебные льготы монастырской вотчине в Гарбале Ореховского уезде. Несмотря на захват Корельской земли шведами, грамоты 1554 и 1578 гг. были подтверждены в феврале 1585 г. игумену Геннадию. После заключения Тявзинского мирного договора и учреждения в 1593 г. Корельской епархии во главе с епископом Сильвестром (1615 г.) началось восстановление обители. В ноябре 1597 г. по ходатайству Бориса Годунова была выдана жалованная грамота царя Фёдора Ивановича на возобновление Коневского монастыря, разорённого шведами: «Царьскою казною церкви и трапезу устроити, и ограду и кельи поставити». Владения Коневского монастыря освобождались от «дани и посохи» «до... царского указу». Старые и больные монахи должны были оставаться в Деревяницком монастыре, «пока в монастырскую вотчину крестьян не позовут». 12 августа 1598 г. три грамоты подтвердил царь Борис Годунов. К 1599 г. коневские иноки смогли вернуться из Деревяницкого монастыря. При царе Борисе Годунове в Коневском монастыре проживал в ссылке архиепископ Сарский и Подонский Варлаам (ум. после 1586 г.). После сдачи Корельского края шведам в 1610 г. коневские иноки были вынуждены покинуть обитель, взяв с собой «образа, и колокола, и книги», запасы хлеба, а также коров и лошадей. Оказавшись неподалёку от Орешка, они узнали, что в Деревяницком монастыре им отказали в приюте: братия опасалась, что коневские иноки «возьмут там верх». В том же году в ответ на челобитную игумена Леонтия, к которой «приложил руку» архиепископ Варлаам, царь Василий Иванович Шуйский распорядился, чтобы коневские и деревяницкие старцы жили в Деревяницком монастыре «в общем братстве, как они преж сего тут были». Под предлогом того, что в Деревяницкой обители «нет власти», крестьяне Грузинского погоста в 1617 г. отказались давать деньги «на монастырское строение». Но царь Михаил Фёдорович повелел им находиться в послушании у деревяницких и коневских «старцев и слуг». Постепенно иноки двух обителей, по слову архимандрита Пимена, «слились в одну семью».