В годы Великой Отечественной войны монастырские здания серьёзно пострадали: снарядами была снесена верхняя часть колокольни, частично разрушены ограда, башни и храм. До середины 1942 г. в два братских корпусах размещались передвижные военные госпитали Красной Армии. После 1942 г. сохранившиеся монастырские здания служили кровом для бездомных жителей деревни, которую почти полностью сожгли фашисты. Даже остатки стен полуразрушенных башен люди использовали под жильё. На территории монастыря есть братское кладбище погибших в 1941–1942 гг. и скончавшихся от ран красноармейцев (больше 600 человек). Другое кладбище, монастырский некрополь к северу, югу и востоку от Успенского храма, сохранялось ещё в годы войны. Среди погребённых – монахи Сергий (ум. в 1719 г.) и Дионисий (ум. в 1733 г.), иеромонах Диодор (Соляников; ум. в 1914 г.). В 1950–1980 гг. кладбищенские памятники уничтожали. После 1945 г. в зданиях Колоцкого монастыря размещались сельская школа, сначала начальная, а затем восьмилетняя, спортзал, до 1959 г. – родильный дом (в южном келейном корпусе) и больница (в северном келейном корпусе), с 1962 г. – сельсовет и библиотека; в игуменском корпусе занимались старшеклассники. Угловую восточную и юго-восточную башни, северные ворота, стены кирпичной ограды, частично разрушенные в 1941–1942 гг., разобрали местные жители, кирпичи использовались для строительства печей. К югу от Колоцкого монастыря, на лугу близ деревни Суконниково и реки Колочи, на месте явления чудотворной иконы, располагались св. колодец и часовня, службы при которых продолжались до 1920 гг. С 1930 гг. колхоз устроил в монастырской часовне овчарню. К 2014 г. на месте часовни, разрушенной в 1966 г., стоит опора линии электропередачи. С конца 1960 гг. ансамбль Колоцкого монастыря был поставлен под охрану государства, частично реставрировался Никитой Ивановичем Ивановым в 1960 гг. и в конце 1980 гг. Юрием Петровичем Мосуновым: восстановлены завершения Успенского собора и колокольни; расчищен Трещенков пруд. Ещё раньше школьники с учителями Колоцкой школы разбили новый сад, который существует и ныне. С начала 1980 гг. монастырь был взят на баланс Государственным Бородинским военно-историческим музеем-заповедником, и с 1988 г. уже усилиями сотрудников музея продолжились восстановительные работы. В 1984 г. в честь 200-летия со дня рождения Д.В. Давыдова на колокольне была торжественно открыта мемориальная доска. Постановлением Совета министров РСФСР от 4 декабря 1974 г. и Указом Президента РФ от 20 февраля 1995 г. ансамбль Колоцкого монастыря включён в перечень Объектов исторического и культурного наследия федерального значения. В 1993 г. Колоцкий монастырь был возобновлён как подворье Бородинского во имя Нерукотворного образа Спасителя женского монастыря. Трудами настоятельницы Бородинского монастыря игуменьи Серафимы (Исаевой) в одном из корпусов Колоцкого монастыря обустроена домовая церковь во имя преподобномученицы великой княгини Елисаветы Феодоровны. Возобновилась традиция совершать в день празднования Колочской иконе Божьей Матери ежегодный крестный ход на св. источник с деревянной часовней. Началось благоустройство территории обители.