10 октября 1997 г. подворье посетил митрополит Крутицкий и Коломенский Ювеналий (Поярков), зачитавший в домовой церкви указ Синода об открытии в стенах Колоцкого монастыря женской обители. Настоятельницами были монахиня Таисия (Исаева; с 1999 г. – игуменья), бывшая казначея Бородинского монастыря, с 1999 г. – монахиня Рахиль (с 2002 г. – игуменья), с 2004 г. – монахиня Серафима (Шумейко), с 2006 г. – монахиня Амвросия (Гавринёва). К концу 2014 г. в Колоцком монастыре проживали настоятельница игуменья Амвросия и около 20 сестёр. 4 ноября 1997 г. в Колоцком монастыре служили первую после возобновления обители Божественную литургию. В июле 1999 г. Колоцкий монастырь посетил патриарх Алексий II. В 2001 г. было совершено первое богослужение в зимней части Успенского собора, в правом Никольском приделе. 2 июля 2002 г. восстановлен левый, Ильинский придел. К 2014 г. в Колоцком монастыре были восстановлены Успенский собор, домовая церковь во имя преподобномученицы великой княгини Елисаветы Феодоровны, колокольня, настоятельский корпус, северный и южный келейные корпуса (около 1785 г.), частично ограда, налажена электроотопительная система, возведены хозяйственные постройки. 22 июля 2000 г., в день празднования Колочской иконе, викарием Московской епархии епископ Видновский Тихон (Недосекин) освятил крест рядом с Колоцким монастырём, на предполагаемом месте строительства деревянной часовни-храма во имя Серафима Саровского. Есть подсобное хозяйство: огород, коровник, птичник, фруктовый сад, пасека. При Колоцком монастыре действуют библиотека и воскресная школа, сёстры посещают детский дом-интернат в посёлке Уваровка, помогают в проведении богослужений в домовом храме в праздники Рождества Христова и Пасхи. В 2000 г. епископ Видновский Тихон (Недосекин) в интернате освятил домовую церковь во имя великомученика Пантелеимона. 27 июня 1998 г. из Москвы в Колоцкий монастырь был принесён старинный список чудотворной Колочской иконы Божьей Матери. В послереволюционные годы Дмитрий Андрианович Андрианов, колоцкий церковный староста, прятал этот образ, а его потомки бережно его хранили. Последним хранителем иконы был москвич В.П. Михайлов, старший научный сотрудник НИИ киноискусства, который и завещал передать её в монастырь. К 2014 г. икона в деревянном резном киоте пребывает в Никольском приделе Успенского собора. Перед ней горит неугасимая лампада, сёстры ежедневно читают Акафист Божьей Матери. В Колоцком монастыре находятся ещё пять списков Колочской иконы. Ежегодно 22 июля, в день празднования Колочской иконы, после Божественной литургии совершается крестный ход на св. источник – место явления чудотворной иконы. Крестный ход на источник и освящение воды происходят также и 19 января, в праздник Богоявления. В Колоцком монастыре также хранятся частицы мощей Николая Чудотворца, великомученицы Екатерины, преподобномученицы Елисаветы, мученицы Фёклы, преподобных Сергия Радонежского, Серафима Саровского, Евфросинии Полоцкой, отцов Киево-Печерских, старцев Оптинских и Глинских, жён Дивеевских, блаженной Матроны Московской, св. благоверного князя Александра Невского и многих других.