26 августа в Колоцком монастыре был устроен госпиталь французской армии. Французы разграбили храм и монастырское имущество, сожгли иконостас и все деревянные постройки. В 1816 г. на восстановление монастыря из казны Синода было отпущено 10 тыс. руб. При игумене Иоасафе на эти деньги был отремонтирован собор, позолочен иконостас, расписаны стены главного храма. Но полностью Колоцкий монастырь был восстановлен только к 1839 г. Колоцкий монастырь посещали: в 1684 г. – патриарх Иоаким (Савёлов), в 1804 г. – митрополит Московский Платон (Левшин), который счёл, что «обилие каменных построек не соответствовало количеству насельников», епархиальные архиереи, в 1818 г. – император Александр I, принявший в дар от игумена список Колочской иконы Божьей Матери, в 1837 г. – цесаревич Александр Николаевич (впоследствии император АлександрII), осмотревший панораму Бородинского поля и оставивший вклад в монастырь на память о своём пребывании, в 1839 г. – великий князь Михаил Павлович. В 1911 г. вид монастыря и, очевидно, примечательные церковные древности были запечатлены на цветном диапозитиве фотографом Сергеем Михайловичем Прокудиным-Горским. Сведения о братии прослеживаются лишь с XVIII в. В июле 1724 г., при игумене Иоиле, в обители проживали 15 иноков, в 1739 г. – восемь: игумен Антоний, четыре иеромонаха (в том числе казначей и ризничий), иеродиакон, два монаха, а также 16 бельцов (пономарь, шесть псаломщиков, конюший, «у продажи свечь», хлебодар, «при часовне», пять на других послушниях). Кроме конюшего, свечного, хлебодара и часовенного все насельники получали в год жалованье – всего 51 руб. Также в Колоцком монастыре проживали три отставных солдата, их жалованье составляло 3 руб. 66 коп. окладных денег, хлеба каждому полагалось 3 четверти и 1,5 четверика в год. В 1764 г. игумен получал 62 руб. 70 коп., ризничий – 6 руб. 10 коп., два иеромонаха – по 1 руб. 10 коп., белый священник, присланный из Переславской духовной консистории, – 6 руб., монах-пономарь – 4 руб. 50 коп., монах-чашник – 4 руб., подьячий – 19 руб. и восемь служителей – по 8 руб. Также братия и бельцы получали дифференцированное хлебное жалованье зерном и крупами. Во второй половине XVIII в. в Колоцком монастыре было около 12 человек братии. В 1778 г. в их число входили игумен Мисаил, казначей, три иеромонаха, два иеродиакона, пономарь-монах, два монаха, «да находящийся в надежду пострижения церковник», а также шесть штатных служителей. Подьячий и два служителя находились при обители вне штата. В 1896 г., при настоятеле в Колоцком монастыре старце архимандрите Агапии (1874 г. – 21 сентября 1897 г.), проживали восемь насельников (пять иеромонахов, два иеродиакона и монах), в 1900 г. – архимандрит Порфирий (ум. 9 марта 1906 г.), пять иеромонахов, два иеродиакона и два послушника. До 1838 г. монастырём управляли игумены и строители (только настоятель Иоасаф около 1736 г. получил сан архимандрита), с 1838 г. до начала XX в. – архимандриты. Среди настоятелей Колоцкого монастыря исследователям известен игумен Корнилий, в 1566 г. ставший митрополичьим казначеем, 19 января 1567 г. хиротонисанный во архиепископа Ростовского, Ярославского и Белозерского («Полное собрание русских летописей», том 13; «Русская историческая библиотека», том 3).