По церковному делению со времени основания до середины XVIII в. монастырь состоял в Можайской десятине Митрополичьей, с XVI в. – Патриаршей, а с XVIII в. – Синодальной областей. По указу императрицы Елизаветы Петровны и определению Святейшего Синода в связи с учреждением в июле 1744 г. Переславской епархии храмы Можайской десятины и Можайского уезда Гжатской пристани были переданы в ведение Переславль-Залесской епархии, в 1746–1753 гг. находились в составе особого Можайского и Волоколамского викариатства епархии. Указом Синода от 13 октября 1764 г. о реорганизации епархиального управления церкви Можайской десятины с Колоцкого монастыря были переданы под управление Крутицкой епархии. По указу Синода от 6 мая 1788 г. Крутицкая епархия была упразднена. В 1785–1788 гг. духовенство епархии находилось под управлением Московской синодальной конторы. Можайские храмы и монастыри (в том числе и Колоцкий монастырь) поступили в ведение Смоленской епархии. Данная подчинённость была подтверждена высочайше утверждённым в конце сентября 1797 г. докладом Синода об упорядочении епархиального управления в связи с новым губернским делением империи по указу императора Павла I от 12 декабря 1796 г. и просуществовала до начала XX в. Исследователи полагают, что в 1560–1570 гг. Колоцкий монастырь был опричным. В Смутное время Колоцкий монастырь разорялся дважды. Первый раз – в 1609 г., после поражения армии царя Василия Ивановича Шуйского при селе Клушине, в 20 верстах от Гжатска (ныне Гагарин), от польско-литовских войск под командованием гетмана Станислава Жолкевского. Монастырские храмы и имущество обители были разграблены. Вторично монастырь был захвачен в декабре 1617 г. «польскими и литовскими людьми и с черкасы, и с изменники русские воры» армии королевича Владислава, которые «пришли в Можайский уезд и стали в Колоцком монастыре». Оккупация монастыря продолжалась, по мнению исследователей, вплоть до заключения с поляками Деулинского перемирия 1 декабря 1618 г. В 1724–1726 гг. Колоцкий монастырь был приписным к Новоспасскому московскому монастырю; по штатам 1764 г. отнесён к третьему классу: монастырю полагалось иметь 12 человек братии и получать ежегодно финансирование из государственной казны. В 1812 г., накануне Бородинского сражения, главнокомандующий русской армией Михаил Илларионович Кутузов осматривал с колокольни Колоцкого монастыря будущее ратное поле; к полудню 21 августа у стен обители сосредоточились главные силы русской армии, а в самом монастыре расположился штаб. Однако уже 22 августа М.И. Кутузов принял решение отступить к Бородину, находя эту позицию более удачной для генерального сражения. Именно в обители Денис Васильевич Давыдовым принял важное решение об организации партизанских отрядов. 24 августа у стен Колоцкого монастыря арьергардные части русской армии под командованием генералов Петра Петровича Коновницына и Карла Карловича Сиверса вступили в бой с авангардом французов. В этом бою получил смертельную рану генерал-майор Всевеликого войска Донского Иван Кузьмич Краснов. Монастырь был занят французами. По преданию, в Колоцкий монастырь приезжал Наполеон, поднимался на колокольню, осматривал позиции русских войск перед Шевардинским редутом.