К 1830 гг. каменный Успенский собор с приделами, пристройками и крытой галереей был благоустроен и утеплён после ремонта в 1816 г. В нём находился иконостас столярной работы с вызолоченной резьбой. За правым клиросом в большом вызолоченном киоте с вызолоченными колоннами и резными фигурами и украшениями хранилась Колочская икона Божьей Матери в серебряно-позолоченной ризе с коронами и драгоценными камнями на венцах Богородицы и Спасителя. Пред иконой каждую субботу совершалось акафистное пение. В 1839 г. с иконы была снята для очистки и поновления серебряная риза, в 1841 г. – золотая сетка, вероятно, для того, чтобы заменить новой. В писцовой книге 1626/1627 г. упоминаются также два других храма. Это – церковь в честь Богоявления, «каменна на потклете тёплая с трапезою да с келарскою и та церковь развалилась. А в ней образов и всяково строения нет». Под трапезной храма размещались хозяйственные помещения. Исследователи полагают, что после Смутного времени ветхий храм был разобран либо перестроен под хозяйственные нужды братии. В конце XVI в. в обители под каменной колокольней находилась церковь во имя Алексия, митрополита Киевского и всея Руси. В храме были «двери царские, и столбцы и сень на празелени, Деисус стоячий, а в нём одиннадцать образов на празелени, да местных образов, против правого крылоса; образ местной Пречистой Богородицы «Воплощение» на празелени, образ Пречистой Богородицы «Одигитрия» на празелени, образ местной Николы Чюдотворца на празелени. А иные мелкие образы и Евангелие запрестольное, и сосуды церковные, и книги и всякое церковное строение вкладчиково да мирское». Поскольку сведения о храме отсутствуют в описи монастыря 1764 г., исследователи сделали вывод, что к этому времени он был упразднён. По ведомости 1739 г., в Колоцком монастыре значатся две церкви без названия с двумя приделами. По мнению исследователей, речь идёт о монастырском соборе и Алексиевской церкви, единственной из действовавших в XVII в. Таким образом, храм упразднён в 1740–1750 гг., возможно, после перехода монастыря из синодального подчинения в Переславскую епархию. Каменная колокольня (как и другие церковные здания) выстроена не позднее XVI в. В писцовой книге 1626/1627 г. указано: «Да на монастыре колокольница каменная вверх. А на колокольнице один колокол. А под колокольницей церковь Алексея Чудотворца». В описи 1764 г. упоминается возобновлённая при св. воротах каменная колокольня «о трёх апартаментах» с десятью колоколами и «боевыми» часами. В XVIII – начале XX в. колокольня была четырёхъярусной. В ограде Колоцкого монастыря также находилась часовня «с затворами деревянными с двумя иконами». К началу первой трети XVII в. жилые и хозяйственные постройки были деревянными, каменными были лишь хлебня и поварня, находившиеся в подклете под трапезной Богоявленской церкви.