Иноки содержались «одними неоплатными доходами: от подаяния мирских людей в церковную кружку, от записки в синодик, от продажи лошадей, рогатого скота, масла, сена, и всякого хлеба с помола на мельницах… и с рыбной ловли, и от провозных денег за поставку в казну на продажу в Каргополь вываренной в монастырских варницах соли» (Государственный архив Архангельской области). В начале XVIII в. Кожеезерский мужской монастырь резко сократил добычу соли. Работы велись лишь в деревне Шиботовской Пияльской волости, где находился монастырский двор; за оградой монастыря располагался скотный двор и два конюшенных двора (Российский государственный архив древних актов). Кожеезерский мужской монастырь владел землями в Прилуцкой, Клещепольской, Нермушской, Околопосадной, Кожской, Пияльской волостях. В 1764 г. Кожеезерский мужской монастырь был обращён в сельский приход, который из-за недостаточности средств для содержания собственного причта приписали к Прилуцкому приходу. Священники приходили в храм Кожеезерского мужского монастыря для совершения литургии только два раза в год, на престольные праздники Богоявления (6 января) и в день памяти преподобного Никодима (3 июля). В середине XVI в. иеромонах Нифонт поставил на острове часовню в честь Богоявления. В 1581–1589 гг., при строителе Серапионе, на её месте была воздвигнута деревянная холодная Богоявленская церковь, освящённая в конце 1589 – начале 1590 гг. иеромонахом Авраамием. К 1595 г. в Кожеезерском мужском монастыре была построена тёплая церковь святителя Николая Чудотворца («Акты исторические, собранные и изданные археографической комиссией», 1841 г., том 1). Во время пожара 1634 г. оба храма сгорели. Новая соборная Богоявленская церковь (1644 г.) с приделом Николая Чудотворца и апостолов Петра и Павла стояла на каменном фундаменте, имела пять маковиц, крытых чешуёй, кресты, обитые белым железом, «около церкви подзоры с летописными словами, окна были и большие и малые» (Государственный архив Архангельской области). Напротив храма стояла «колокольница на столбах, а на ней колокол большой 14 пудов, да другой колокол пять пудов, да два по пуду». При игумене Дионисии (1649–1650 гг.) по распоряжению стольника Бориса Ивановича Морозова в Кожеезерском мужском монастыре была выстроена первая деревянная ограда (Отдел истории русской культуры Государственного Эрмитажа). Около 1690 г. Кожеезерский мужской монастырь сгорел. К началу XVIII в. в монастыре, окружённом деревянной оградой, находились восстановленные деревянные соборный храм Богоявления с придельной церковью Николая Чудотворца, тёплая церковь Благовещения Пресвятой Богородицы, деревянная церковь пророка Илии на св. воротах с колокольней, 12 братских и больничных келий, «хлебенная» и поваренная кельи. В кельях проживали два игумена, иеромонах, два иеродиакона, казначей, девять монахов, пономарь, схимонах, клирик, а также больничная братия (четыре монаха и схимонах). После пожара 18 августа 1730 г., при строителе иеромонахе Корнилии (1723–1738 гг.), на месте тёплой Никольской церкви был построен и в 1732 г. по благословению Новгородского архиепископа Феофана (Прокоповича) освящён двухэтажный деревянный храм с верхней церковью Благовещения Пресвятой Богородицы, нижней – святителя Николая Чудотворца.