При настоятеле (1634–1642 гг.) игумене Ионе (Ляпунове) 8 июня 1634 г., во время пожара, сгорели оба храма и хозяйственные постройки. Игумен собирал пожертвования на их восстановление. Значительные средства поступали в Кожеезерский мужской монастырь из Москвы: от денежных дел мастера старца Герасима, старца Даниила (казначея патриарха Иоасафа), Григория Васильева, который дал «складни, серебром обложены, позолочены со сканию» (1636/1637 г.), старца Александра Булатникова, келаря Троице-Сергиева монастыря, сделавшего кроме книжных вклады «на келью», на церковные сосуды и колокол (1640/1641 г.). В годы настоятельства игумена Ионы во вкладной книге записаны пожертвования от соловецких пострижеников старцев Флавиана, Тихона, Даниила (около 1639/1640 г.), Кирика (1636/1637 г.), Ефрема Квашнина (1637/1638 г.), Пафнутия, подарившего складни Соловецких чудотворцев, старца Игоря, священноинока Венедикта, анзерского старца Зосимы (1636/1637 г.) и др. В 1634 г., при игумене Ионе, в число братии был принят иеромонах Никон (Минов; впоследствии патриарх Московский и всея Руси). По благословению настоятеля он поселился на пустынном острове Кожозера; помимо молитвенного делания занимался ловлей рыбы для братии. В 1643 г. по просьбе насельников Никон стал игуменом Кожеезерского мужского монастыря. Его трудами остров был соединён с берегом насыпью – дамбой; в монастыре было сотня насельников. В 1639 г. в Кожеезерском мужском монастыре принял постриг «московит» Борис Васильевич Львов (с именем Боголеп; ум. в 1675 г.), брат думного дьяка Григория Васильевича Львова, книжник, составитель первоначальной Краткой редакции Жития преподобного Никодима. В исследованиях встречается ошибочное отождествление рода Бориса и Григория Васильевичей Львовых с родом князей Львовых, занимавших в Государевой думе боярские чины. Это мнение, по мнению исследователей, связано с упоминанием среди вкладчиков Кожеезерского мужского монастыря князя Алексея Михайловича Львова (Отдел истории русской культуры Государственного Эрмитажа). До поступления в Кожеезерский мужской монастырь Борис Львов нёс «книгописное» послушание в Соловецком в честь Преображения Господня монастыре. Исследователям известна рукопись «Слова преподобнаго Симеона Новаго Богослова» (Исторический музей), написанная им на Кожозере. Старец Боголеп сыграл огромную роль в становлении библиотеки, книжно-рукописной традиции и иконописной культуры Кожеезерского мужского монастыря. При нём из Москвы на Кожозеро шли «самые богатые и разнообразные вклады, приносившие вместе с прочими дарами много печатных и рукописных книг». К 1648 г. старец Боголеп завершил труд над повестью о преподобном Никодиме и отдал её на прочтение троицкому келарю Симону (Азарьину). В одно из последних посещений Москвы старец Боголеп вместе с диаконом Благовещенского собора Феодором участвовал в споре со справщиками и был взят на заметку как старообрядец («Акты исторические, собранные и изданные археографической комиссией», 1841, том 5). Царским указом Боголеп был вызван на церковный Собор 1666–1667 гг.; его обвинили в учинении в монастыре расколов и в «подстрекательстве мятежам», а также в том, что он «отцу духовному вящше 10 лет не исповедаше грехов своих, камканию же святому выше 20 лет не общаяся, ниже в церковь хождаше».