Архимандрит Олег обратился в Архангельскую духовную консисторию с просьбой разобраться в сложившейся ситуации. В обитель был срочно направлен архимандрит Вениамин (Кононов), настоятель Антониева Сийского монастыря. Расследовать хозяйственную деятельность архимандрита Олега было поручено священнику Александру Попову, благочинному третьего Онежского округа 22 июня 1917 г., после следствия, длившегося три недели, архимандрит Вениамин (Кононов) объявил братии об условиях, которые необходимо выполнить до назначения нового настоятеля, с чем братия не согласилась. Обобщив собранный материал, архимандрит Вениамин (Кононов) пришёл к выводу, что для сохранения обители лучше учредить женский монастырь. Вскоре настоятельнице Ямецкого монастыря было предложено переселиться вместе с сёстрами на территорию Кожеезерский мужского монастыря. Ямецкие монахини согласились переехать на Поонежье (Государственный архив Архангельской области). Кожеезерская братия, встревоженная этим решением, отправила в Архангельскую консисторию прошение определить в настоятели инока Иону, перешедшего из Красногорского монастыря. Однако его назначение настоятелем не состоялось. Кожеезерским мужским монастырём продолжала руководить старшая братия во главе с иеромонахом Арсением. В сентябре 1918 г. крестьяне деревни Кривой Пояс Пудожского уезда Олонецкой губернии напали на Кожеезерский мужской монастырь, убили иеромонахов Арсения и Пантелеимона, монахов Иоанникия и Илию, послушника Михаила Черепанова, богомольца И.Я. Анцыферова и работницу М. Зайцеву. Оставшиеся в живых иноки покинули обитель. Сохранились воспоминания свидетеля событий монаха Валентина, приговорённого к расстрелу, но успевшего скрыться в Пертоминском монастыре (Государственный архив Архангельской области). 19 марта 1919 г. в захваченной большевиками обители были вскрыты мощи преподобного Никодима. В прессе сообщалось, что при вскрытии раки, «к удивлению присутствующих», не было обнаружено «не только мощей, но ничего, свидетельствующего о пребывании когда-либо в ней каких бы то ни было предметов» («Красный Север». Вологда, 1919 г., №19). Вскоре постройки Кожеезерского мужского монастыря были национализированы, в них устроена коммуна, а затем – посёлок ссыльных, Кожпосёлок. В Преображенском храме проживали люди, а в Богоявленской церкви держали скот. В 1950 гг. посёлок был расформирован, с 1960 гг. на месте обители расположился лесничий кордон – место остановки рыбаков и геологических партий. Крепкие монастырские здания постепенно разрушались. В 1998 г. по благословению епископа Архангельского и Холмогорского Тихона (Степанова) началось восстановление обители. 29 апреля 1998 г. в Кожеезерском мужском монастыре поселились два монаха и послушник из Оптиной в честь Введения во храм Пресвятой Богородицы пустыни. Решением Синода РПЦ от 19 апреля 1999 г. монастырь был открыт, настоятелем назначен иеромонах Михей (Разиньков). Восстановлен тёплый надвратный храм Тихвинской иконы Божьей Матери, флигели, бывший паломнический двухэтажный корпус с печным отоплением. В полуразрушенном состоянии пребывают Иоанно-Предтеченский храм, выстроенный над мощами преподобных Серапиона и Авраамия, а также Успенская церковь с приделами преподобных Зосимы и Савватия Соловецких и преподобного Никодима.