Однако Боголеп на Собор так и не явился, чувствуя себя «на Кожеозере неприкосновенным». Поcле кончины схимонаха Боголепа в 1675 г. в его келье осталось большое собрание книг и икон. Старец был чрезвычайно щедрым вкладчиком. За 26 лет жизни в Кожеезерском мужском монастыре он внёс «всего вкладу... святыми иконами и книгами и денгами, и иными вещми на осмь сот на тридцать четыре рубля с полтиною, о прочей сей сих пяти икон, что жемчюгом обложены, писаны без цены» (Отдел истории русской культуры Государственного Эрмитажа). При настоятеле (около 1663 – 1680 гг.) игумене Павле (ум. в декабре 1682 г.) кожеезерская братия в отличие от старцев Соловецкого монастыря поддержала церковные реформы патриарха Никона. В Кожеезерский мужской монастырь были сосланы «на сбереженье» чернец Иов (Салтыков), сын боярский Осип Пирютин и Аверкий Москвитин. В 1676 г. указом царя Фёдора Алексеевича в Кожеезерский мужской монастырь приписывалось перевести протопопа Аввакума Петрова «со товарыщи», однако перевод не состоялся. Игумен Павел заботился о сохранении монастырских угодий: в 1670 г. вернул насильно захваченные крестьянами Клещепольской волости сенные покосы, а также приобрёл новые земли. В 1681 г. отстоял право Кожеезерского мужского монастыря на ловлю семги в устье реки Кожи, на которое претендовал Соловецкий монастырь. При игумене Павле Кожеезерский мужской монастырь получил от царя Фёдора Алексеевича послушную грамоту на все прежние грамоты. Состоялась канонизация преподобного Никодима, над его мощами возвели часовню, составили Пространную редакцию его Жития. В 1695 г., при настоятеле игумене Анании (1693–1698 гг.), были обретены нетленные мощи преподобного Никодима. Игумен Матфей (Спицын), возглавлявший Кожеезерский мужской монастырь в 1707–1715 гг., составил сборник, посвящённый Кожеезерским святым (Библиотека Академии Наук). Георгий (около 1722 г.) был последним настоятелем в сане игумена, затем обителью управляли строители. 17 августа 1758 г. Кожеезерский мужской монастырь был приписан к каргопольскому в честь Преображения Господня монастырю, которому обязывался ежегодно выплачивать по 50 руб.; в 1764 г. Кожеезерский мужской монастырь был упразднён. В 1764 г. имущество, в том числе и книжное собрание Кожеезерского мужского монастыря, было передано в каргопольский Преображенский и Александров Свирский монастыри. В описи 1765 г., составленной после закрытия обители, значилось больше 50 книг. Самые ранние рукописи Кожеезерского мужского монастыря, появившиеся уже при первых насельниках, в конце XIX в. обнаружены и описаны Алексеем Егоровичем Викторовым в библиотеках Свирского монастыря и Архангельской духовной семинарии: Правила Соборов св. отцов XV в. (в собрании Александрова Свирского монастыря), Торжественник XV в. (в собрании Александрова Свирского монастыря), «Диоптра» Филиппа пустынника XVI в. (в собрании Александрова Свирского монастыря) и Пролог сентябрь-февраль XVI в.