Всего старец Боголеп передал обители 35 книг и завещал после кончины «взять в казну» всю его библиотеку. В собрании его келейных книг значились рукописи: Толковая Псалтирь епископа Гербиполенского Брунона, «Синтагма» иеромонаха Матфея (Властаря), «Просветитель» Иосифа Волоцкого, «Книга Иакова Евреина», сочинения Дионисия Ареопагита и Максима Грека, Патерик, Хронограф, «Лавсаик», «Повесть о преподобных Варлааме и Иоасафе», Катехизис, «Шестоднев» Василия Великого, Стоглав, «Книга по сошному письму» и др. (Отдел истории русской культуры Государственного Эрмитажа, Библиотека Академии Наук). Среди печатных книг в келейном собрании старца Боголепа имелись: «Беседы Евангельские в трёх книгах переплетены» Иоанна Златоуста (первая книга хранится в Отделе русской культуры Петрозаводского государственного университета), два Требника киевской и московской печати, Часослов, Уложение 1649 г., «Соборник от недели мытаря и фарисея», Номоканон, «Книга об Иверской Богородице», Лексикон, «Цветник духовный», Служебник, «Вертоград духовный», Грамматика, Скрижали, «Зерцало мирозрителное» киевской печати и др. В целом его собрание насчитывало не менее 80 томов. Другое книжное собрание (больше 20 книг) перешло в казну Кожеезерского мужского монастыря из келейной библиотеки игумена Павла. В 1650/1651 г. он, ещё будучи «во дияконех», передал обители рукописи «Поучение старческое», «Алфавитный патерик», «Повести и Жития святых отец» (Отдел истории русской культуры Государственного Эрмитажа). По мнению исследователей, некоторые сборники из этой коллекции составил сам её владелец. Среди переданных им книг значились воскресное Толковое Евангелие, вседневное Толковое Евангелие, Апостол, «Деяния апостольские с толковым Апокалипсисом», Сборник «от мытаря и фарисея до недели Всех святых», «Пролог» в тетрадях, «Лествица», «Книга о священстве», «Цветник духовный», Канонник, «Цветословие» (Отдел истории русской культуры Государственного Эрмитажа). Исследователям интересна по составу коллекция рукописей игуменской библиотеки, включающая: «Патерик, первая повесть о Евлогии-Каменносечце», Жития преподобных Саввы Сербского, Онуфрия Великого, Иоанна Дамаскина, Феодора Эдесского и иных святых, Мучение великомученика Артемия и др. В первой четверти XVIII в. в Кожеезерском мужском монастыре был создан агиографический цикл, посвящённый основателям монастыря и преподобному Никодиму Кожеезерскому, который включал Житие, службу, стихиры на поклонение мощам, виршевое Житие, а также выписки из монастырской летописи. Одна из рукописей этого цикла, составленная игуменом Матфеем (Спицыным), оказалась в собрании Антониева Сийского монастыря (Библиотека Академии Наук). В начале XVIII в. сложились более тесные отношения Кожеезерского мужского монастыря с Новгородом и Сийским монастырём. С 1704 по 1709 гг. Новгородский митрополит Иов сделал большие денежные пожертвования на строительство на полуострове Кожозера церкви пророка Илии и в числе прочего передал в 1705–1706 гг. в восстановленную церковь Евангелие и Минею общую.