Одновременно сийский эконом иеродиакон Афанасий подарил монастырю книги (Отдел истории русской культуры Государственного Эрмитажа): «О знамениях пришествия Антихристова», Учительное и Толковое Евангелия, Четью Минею, рукопись Слова Симеона Нового Богослова (исследователи полагают, что указана А.Е. Викторовым как взятая «из собрания Александро-Свирского монастыря)»). Сохранился список службы преподобному Никодиму второй половины XVIII в., которым ежегодно 3 июля пользовались священники в Кожозерском приходе. Рукопись имеет многочисленные правки конца XIX в. цензора Комитета духовной цензуры протоиерея Вениамина (Российская национальная библиотека). Из книг Кожеезерского мужского монастыря кроме вышеуказанных исследователи выявили следующие кодексы: рукописная Кормчая (XVII в.) «из келейных книг старца Боголепа Лвова» (Институт рукописей Национальной библиотеки Украины имени В.И. Вишневского. Собрание Киево-Софийского собора), Триодь Цветная (М., 1660 г.) – вклад боярыни Анны Ильиничны (Библиотека Академии Наук), сборник «Маргарит» (М., 1698) – вклад 1712 г. иеродиакона Гавриила Бажанина (Библиотека Академии Наук), Пролог (М., 1661 г.) – вклад 1668 г. чёрного попа Досифея Парского (Библиотека Академии Наук). При основании обители старцу Серапиону пришлось ходить по селениям в поисках пропитания для братии: он «не могий видети их гладных». Однажды преподобный принёс «на раменах» для иноков мельничные жернова и зерно. Вскоре насельники стали «землю копати и от своих трудов питатися» (Библиотека Академии Наук). Среди первых вкладов в Кожеезерский мужской монастырь были земельные участки местных крестьян. Так, в купчей 1563 г. крестьянин Пияльской волости Максим Павлов указывал, что отдал «священнику Нифонту, да строителю старцу Серапиону» три «полянки... по своих родителех в поминовение вечное» («Онежская старина». 1995 г.). Крестьяне жертвовали зерно, продукты, скот. В 1577 г. А.И. Голуба духовной грамотой завещала корову и двух телят (Акты социально-экономической истории. 1990 г.). После смерти царя Ивана Васильевича Грозного преподобный Серапион пришёл в Москву с челобитной о выделении Кожеезерскому мужскому монастырю земельных угодий. Указом от 30 сентября 1585 г. царь Фёдор Иванович передал обители полуостров Лопский на Кожозере, а вокруг него «матерой земли по четыре версты». Грамотой 1595 г. Кожеезерский мужской монастырь освобождался от податей с «деревень, полуцрека и двора в Турчасове», принадлежавших обители («Акты исторические, собранные и изданные археографической комиссией», 1841 г., том 1). В 1599 г., в царствование Бориса Годунова, преподобный Серапион с учеником иноком Авраамием повторно пришли в Москву для подтверждения новой властью права Кожеезерского мужского монастыря на монастырские владения. В 1599 г. на щедрые пожертвования (200 руб.) царя Бориса Годунова были куплены четыре деревни (Кернешка, Клещеево, Канзопелда и Пиява), расположенные на реке Онеге. Монастырю были пожалованы солеварни и тони на летней стороне Белого моря. По мнению исследователей, среди богатых пожертвований царя Бориса Годунова находилась часть имущества опального князя Ивана Васильевича Сицкого.