Долгое время в обители хранились синодик и вкладная книга (Отдел истории русской культуры Государственного Эрмитажа), заведённые ещё старцем Нифонтом (Синодик сгорел во время пожара в 1884 г.). Монастырская библиотека пополнялась книжными вкладами иноков как Кожеезерского мужского монастыря, так и других обителей. Об этом свидетельствуют обиходные примечания во вкладной книге. Так, первый игумен Авраамий вложил в Кожеезерский мужской монастырь печатную книгу Василия Великого, две книги Григория Богослова, Часовник. Среди жертвователей – насельники Герасим, Лаврентий, Захарий, Феофил, келарь Филофей (в схиме Феодосий), а также монах Никифор, передавший в Кожеезерский мужской монастырь «книгу Стихараль певчую», четыре Часословца, Псалтирь с восследованием и с летописцем 1680 г., «Повесть о преподобном отце Варлааме, пустынножителе, и Иоасафе, царе индийстем» (1681 г.), Минею общую, и уставщик иеродиакон Афанасий, вложивший Псалтирь и Ирмологий, книги преподобного Ефрема Сирина, аввы Дорофея, преподобного Иоанна Лествичника и рукописи: Алфавит с Осмочастием, Миротворный круг и Заповеди (Отдел истории русской культуры Государственного Эрмитажа). Из библиотеки игумена Анании (ум. в 1698 г.) в монастырское собрание перешла Псалтирь с восследованием. Монах Арсений, ученик старца Боголепа, вложил в «книгохранителную казну к церкви» певческие книги «новой справы», в том числе Ирмологий 1673 г. (Библиотека Академии Наук), Ирмологий «московской новосправной печати» со святцами и с пасхалией (Библиотека Академии Наук), а также Псалтирь и рукописную книгу в переплёте «О жительстве от святых писаний, списание отца Нила Сорскаго» (Отдел истории русской культуры Государственного Эрмитажа). Вкладчиками книг в Кожеезерский мужской монастырь были цари Михаил Фёдорович, Алексей Михайлович, Иван V и Пётр I, царевны Татьяна Михайловна и Марфа Алексеевна, патриархи Филарет, Иоасаф, Никон, великая старица Марфа, патриарший иеродиакон Филофей, царский духовник протопоп Стефан Вонифатьев; монах Паисий (казначей патриарха Иоакима), а также бояре Иван Никитич и Никита Иванович Романовы, князь Алексей Михайлович Львов и др. Среди московских вкладов значительное место занимают книги, изданные Московским Печатным двором. В библиотеке Кожеезерского мужского монастыря хранилось подаренное игуменом Никоном печатное напрестольное Евангелие, обложенное бархатом. В 1643 г. царь Михаил Фёдорович передал обители Псалтирь с восследованием. В 1644/1645 г. инок Боголеп вложил в обитель Псалтирь, а в 1647/1648 г. «по брате своем... думном дьяке, по Григорье Васильевиче Лвове, во иноцех Герасиме, и по своих родителех» сделал крупное пожертвование, насчитывавшее 23 кодекса, главным образом, последние издания Московского Печатного двора (Российская государственная библиотека). Часто посещая Москву, Боголеп скупал новые издания. Так, в 1649–1650 гг. он отмечен как покупатель двух экземпляров Уложения в Приходной книге Московского Печатного двора (Российский государственный архив древних актов). Среди его книжных вкладов в Кожеезерский мужской монастырь – напрестольное Евангелие («в средине распятие Господа нашего Иисуса Христа, да четыре евангелисты, все сребряное, позолочено, резное дело, да наоуголники и застешки сребряные, оболочено бархатом черным»), две рукописи: Кормчая и два сборника.