В 1847 г. в ризнице находилось «собрание грамот монастырских, списанных в одну книгу». Часть документов была вывезена из монастыря в 1913 г. Тогда же по приказу Новгородского митрополита Арсения (Стадницкого) многие книги из монастырской библиотеки были перевезены в библиотеку Новгородского церковно-археологического общества. К 2014 г. часть монастырских документов (акты, приходные и расходные хлебные книги и другие документы) находится в Новгородском музее-заповеднике, в Отделе письменных источников. В 1919 г. член Археографической комиссии Михаил Григорьевич Курдюмов вывез из обители два сборника, состоящие из описей имущества и приходных и расходных денежных книг; к 2014 г. они хранятся в архиве Санкт-Петербургского института истории РАН в коллекции Археографической комиссии. Сборник приходных и расходных книг 1623–1624 гг. находится в собрании Павла Яковлевича Дашкова в рукописном отделе Института русской литературы РАН. Вкладная книга ХVII–ХVIII вв. и синодики хранятся в собрании Череповецкого музея-заповедника. Часть документов, в основном, акты, находится в Москве, в фонде Кириллова Новоезерского монастыря и в фонде Государственной коллегии экономии Российского государственного архива древних актов, одна из описей имущества – в Отделе письменных источников Государственного исторического музея. Согласно первой сохранившейся монастырской описи 1581 г., в Кирилловом Новоезерском мужском монастыре числилось 72 рукописные книги. Печатные книги впервые упоминаются в описи 1614 г. К 1662 г. библиотека обители и приписных церквей насчитывала 119 томов (в том числе 66 печатных), к 1864 г. – 400 томов. В 1880 г. Алексей Егорович Викторов обнаружил в монастыре 84 рукописи. В 1913 г. 149 томов 94 названий из Кириллова Новоезерского мужского монастыря было передано в библиотеку Новгородского церковно-археологического общества. К 1919 г. в библиотеке хранилось большое собрание богослужебных книг старомосковской печати, насчитывавшее 558 томов, которое, согласно отчёту М.Г. Курдюмова, было полно и многообразно представлено. В библиотеке хранилось много «редкостных экземпляров», был «большой отдел книг, печатавшихся гражданским шрифтом с начала XVIII века». К 2014 г. большая часть собрания хранится в Новгородском и Череповецком краеведческих музеях, отдельные рукописи – в Российской национальной библиотеке, Вологодском музее, Российской государственной библиотеке и Российском государственном архиве древних актов. Самыми известными монастырскими рукописями исследователи считают Псалтирь преподобного Кирилла Новоезерского начала XVI в., упомянутая в Поморских ответах братьев Денисовых (Череповецкое музейное объединение), пергаменная Псалтирь XV в. с четырьмя миниатюрами (Российская государственная библиотека), «Лествица» (1400–1410 гг., Новгород; Государственный объединённый историко-архитектурный и художетсвенный музей-заповедник). В XVI–XVII вв. в монастыре не было специальных помещений для хранения книг, библиотека находилась в церквах. В XVII в. книги хранились в специально отведённом месте в Воскресенском храме. В XIX–XX вв. библиотека и архив занимали отдельную комнату в одном корпусе с братскими кельями.