Численность братии в ранний период существования монастыря исследователи оценивают по размерам руги, которую выплачивал ему князь И.В. Пеньков: она считалась достаточной для пропитания четырёх монахов. Сведения о точной численности братии содержатся в описях имущества 1646, 1649 и 1657 гг.: соответственно 11, 16 и 24 человек. В 1703 г. в Кирилловом Новоезерском мужском монастыре было 37 монашествующих; в 1710 г. в монастыре числилось 46 человек: игумен, восемь иеромонахов и 37 монахов (Российский государственный архив древних актов). В 1740 г. в Кирилловом Новоезерском мужском монастыре проживали игумен, пять иеромонахов, восемь монахов и 11 церковнослужителей, а также «на пропитании» находились восемь отставных военнослужащих (Российский государственный архив древних актов). Согласно штатам 1764 г., Кириллов Новоезерский мужской монастырь был причислен к третьеклассным, т.е. в нём должно было подвизаться 12 монашествующих. В 1791 г. в монастыре было десять насельников, но только двое были монашествующими. Прибывший в 1793 г. в обитель игумен Феофан (Соколов) с неодобрением писал: «Во всём монастыре было только двое постриженных: иеродьякон под запрещением и иеромонах в параличе; службу служил белый священник». Благодаря деятельности архимандрита Феофана численность братии стала возрастать, и в 1823 г. по его просьбе к штатному составу Кириллова Новоезерского мужского монастыря было прибавлено четыре иеромонаха, три иеродиакона, четыре монаха и два послушника. В 1830 г. Игнатию (Брянчанинову) новоезерские монахи показались «мирянами», «очень свободными в обращении». В 1832 г. в Кирилловом Новоезерском мужском монастыре проживало около 70 человек, в том числе девять иеромонахов и семь иеродиаконов. Профессор Степан Петрович Шевырёв отмечал, что в 1847 г. в числе иноков были светски образованные люди. К 1865 г. в Кирилловом Новоезерском мужском монастыре числились 17 монашествующих и 21 послушник, к 1916 г. – 63 насельника, в том числе настоятель, бывший настоятель, четыре иеромонаха, пять иеродиаконов и восемь монахов, к 1919 г. – около 60 монахов. Перед закрытием обители жили пять монахов. В 1623–1628 и 1631–1632 гг. игуменом Кириллова Новоезерского мужского монастыря был Тит (Романов), постриженик Борисоглебского на Устье мужского монастыря. Благодаря его трудам ружное жалованье было заменено рыболовными угодьями на трёх озёрах, сделана первая попытка начать каменное строительство, составлена Основная редакция Жития преподобного Кирилла, начаты труды по его канонизации. Возрождение монастыря после упадка в конце XVIII в. традиционно связывают с игуменом Феофаном (Соколовым). С 1799 г. преподобный Феофан также являлся благочинным пяти монастырей, причём особое внимание уделял Горицкому девичьему. По словам Игнатия (Брянчанинова), архимандрит Феофан «отвергал душевное делание как очень удобное к переходу в прелесть и выказал очень малую начитанность. Проводил он жизнь постную; к службам ходил неупустительно; вставал до утрени за час и вычитывал в келии правило; сложения был атлетического, росту малого.