В 1836 г. на её месте была построена каменная церковь с колокольней. С началу XVII в. в Белоозере в собственности обители находились два двора. В начале XX в. монастырю принадлежал двухэтажный дом с деревянными службами и «местом, имеющим в поперечнике 17 саж., а в длину 27 саж., всего 459 кв. саж...». Верхний этаж и часть нижнего сдавались в аренду: «...Остальная часть назначена для жительства заведующего домом и приезжающих из монастыря по делам». На Белозерском подворье существовала деревянная часовня, вместо которой в 1877 г. была сооружена каменная во имя Кирилла Новоезерского на Торговой площади. В деревне Анашкино находился монастырский скотный двор. В 1581 г. над мощами преподобного Кирилла стояли рака и деревянная часовня. Согласно описи 1628 г., на раке находилась икона преподобного Кирилла – вклад князя Ивана Михайловича Катырева-Ростовского (Исторический музей). В ноябре 1649 г., при строительстве каменного Воскресенского собора, были обретены мощи преподобного Кирилла, которые освидетельствовал архиепископ Вологодский святитель Маркелл. На гробницу основателя Кириллова Новоезерского мужского монастыря святитель положил покров и икону с изображением преподобного (Череповецкое музейное объединение). 20 октября 1652 г. князь Илья Данилович Милославский пожертвовал на гробницу лицевой покров (Архив Санкт-Петербургского института истории РАН). В том же году мощи были перенесены в новый Воскресенский храм. В 1661 г. на средства Б.И. Морозова изготовили деревянную раку с позолотой. В 1722 г. мощи переложили в кипарисовую раку, средства на которую пожертвовал император Пётр I Алексеевич (Исторический музей). В 1795 г. была построена серебряная рака; парчовый покров на неё прислала императрица Екатерина II (рака преподобного Кирилла не сохранилась). В монастырской описи 1632 г. впервые упомянуты личные вещи основателя – «книга чюдотворца Кирила самого Псалтырь следованием, в полдесть, ветха» (Исторический музей), находящийся в храме Воскресения «у правого крилоса посох чюдотворцев» (Исторический музей) и хранящиеся в ризнице «ризы самого чюдотворца Кирила Белого ветхи и драны» (Исторический музей). В 1847 г. в ризнице была «Псалтирь, может быть принадлежавшая Кириллу Новоезерскому, сохраняются его чётки, посох и гроб, в котором обретено его тело». Исследователи полагают, что Псалтирь преподобного сохранилась (Череповецкое музейное объединение). В описаниях XIX в. упоминались «потир деревянный с иконописными изображениями времён преподобного Кирилла», образ преподобного Кирилла «с серебропозлащённым венцем», пожертвованный в 1650 г. архиепископом Вологодским Маркеллом, вызолоченный иконостас из Воскресенского собора с царскими вратами, напрестольный крест, «писанный на дереве от гробовой доски преподобного Кирилла», обложенный золотом и жемчугом, напрестольное Евангелие, украшенное серебром и жемчугом (эти две святыни были пожалованы царевной Татьяной Михайловной), а также богослужебные предметы – вклады императрицы Екатерины II и императора Павла I. Долгое время в Кирилловом Новоезерском мужском монастыре сохранялись жалованные грамоты, а также значительное число монастырских документов.