Пытаясь преодолевать упадок приходских школ, епископ Павел (Лебедев) в 1872–1873 гг. открыл 13 монастырских школ для сирот и детей из бедных семей духовенства с целью их подготовки к поступлению в духовные училища. В 1869 г. в Кишинёвской епархии было 183 церковноприходские школы с 2248 учащимися, в 1870 г. – 175 школ с 3587 учениками. В 1881 г. действовали 23 приходские и 15 монастырских школ (в 1890 гг. число монастырских школ сократилось до 10). Следующий Кишинёвский архиерей, архиепископ Сергий (Ляпидевский), занялся восстановлением числа церковноприходских школ, пришедших в упадок при его предшественниках. В 1888 г. было 65 церковноприходских школ, 15 школ грамоты и 15 монастырских, к 1890 г. – 76 церковноприходских школ и 119 школ грамоты. В связи с переходом церковных школ на обучение на русском языке, их открытие проходило в рамках правительственных мер по обрусению края. 13 января 1883 г. Синод предписал закрыть епархиальную типографию при Кишинёвском архиерейском доме «ввиду повсеместного ныне введения в церквах той епархии богослужений на славянском языке». Были пресечены попытки организации печатания молдавских книг при Новонямецком в честь Вознесения Господня монастыре, который купил часть оборудования закрытой епархиальной типографии, в 1884–1886 гг. обитель безуспешно добивалась от архиерея разрешения на открытие монастырской печатни. В целях улучшения материального обеспечения клириков архиепископ Сергий (Ляпидевский) в 1883 г. передал епархиальному духовенству свечной завод, находившийся в 1856–1883 гг. в ведении архиерейского дома; открыл при Кишинёвском епархиальном женском училище пансион для девочек-сирот (Сергиевский), на который ежегодно выделял 700 руб. Епископ Исаакий (Положенский) учредил в 1892 г. епархиальный комитет для заведования противосектантской и противораскольнической миссией, способствовал распространению в епархии внебогослужебных собеседований пастырей с прихожанами. При нём количество церковноприходских школ и школ грамоты увеличилось со 151 до 243. Епископ Неофит (Неводчиков) инициировал открытие в Кишинёве отделения Императорского Православного Палестинского общества. Епископ Иаков (Пятницкий) ввёл должности противосектантских миссионеров в каждом уезде, в 1899 г. открыл миссионерское Христорождественское братство, заменившее епархиальный миссионерский комитет, благотворительное Александро-Невское братство подчинил непосредственно епархиальной власти. В августе 1901 г. прошёл первый епархиальный съезд миссионеров. На рубеже XIX и XX вв. епископ Иаков (Пятницкий) дважды ходатайствовал перед Синодом о разрешении публиковать книги на молдавском языке. В 1900 г. инициировал издание русско-молдавского краткого молитвослова, русско-молдавских листков нравоучительного содержания. В декабре 1902 г. в Кишинёве усилиями епископа Иакова (Пятницкого) было организовано Бессарабское церковное историко-археологическое общество, официальное открытие которого состоялось 4 апреля 1904 г. В 1907 г. общество создало церковно-археологический музей. В 1890 гг. значительно выросло число церковных школ в Бессарабии, этот рост продолжился и в начале XX в. В 1907 г. было 606 церковных школ, в том числе восемь двухклассных, 176 школ грамоты, 408 одноклассных, восемь воскресных и шесть второклассных, а также две образцовые школы – при семинарии и женском училище. К 1914 г. в Кишинёвской епархии насчитывалось 663 церковные школы (13 двухклассных, 617 одноклассных, 33 школы грамоты).