Число самостоятельных приходов при епископе Иринархе (Попове) сокращалось. При нём в миссионерских целях в Кишинёве в декабре 1855 г. впервые было выпущено Евангелие на молдавском языке. Епископ Антоний (Шокотов; с 1861 г. – архиепископ), занявший Кишинёвскую кафедру в 1858 г., стал уделять больше внимания местным церковным традициям. В 1859 г. был возрождён ежегодный крестный ход из Гербовецкого в честь Успения Пресвятой Богородицы монастыря в Кишинёв с Гербовецкой иконой Божьей Матери. По желанию молдавского духовенства частично восстановилось коллегиальное начало в управлении епархией: с 1864 г. проходили епархиальные съезды духовенства, с 1869 г. – благочиннические съезды, на которых избирали благочинных и их заместителей. В 1870 г. были учреждены благочиннические советы. Для просветительской деятельности среди молдавского духовенства в 1866 г. по благословению архиепископа Антония (Шокотова) было учреждено кишинёвское Александро-Невское братство, с 1869 г. при братстве действовал Никольский приют для нищих. Развивалось духовное образование. В 1864 г. было открыто Кишинёвское епархиальное женское училище. В 1866 г. принят новый устав Кишинёвской духовной семинарии, по которому от неё было отделено Кишинёвское уездное духовное училище. В 1869 г. начало работу Бельцкое духовное училище (в 1873 г. переведено в Единцы). В 1868 г. в епархии было восстановлено Аккерманское викариатство; викарный епископ находился в Кишинёве, управлял Курковским в честь Рождества Пресвятой Богородицы монастырём. Епископ Павел (Лебедев; с 1879 г. – архиепископ), назначенный в Кишинёв в 1871 г., инициировал упразднение «излишних» церквей и перевод духовенства в другие епархии. В 1871–1878 гг. было закрыто 330 храмов из 874 (по другим данным, из 773). Потери были не столь ощутимыми благодаря тому, что в 1878 г. епархия получила церкви Южной Бессарабии, вернувшейся в состав России. В 1878 г. в Измаиле закрыли румынскую духовную семинарию, в 1893 г. вместо неё начало работу духовное училище. Деятельность епископа Павла (Лебедева) совпала с новыми инициативами властей по русификации западных окраин Российской империи, обусловленными третьим Польским восстанием (1863 г.). В 1871 г. «Кишинёвские епархиальные ведомости», прежде выходившие на русском и молдавском языках, перешли на русский язык (в 1872–1873 гг. публиковались приложения к «Кишинёвским епархиальным ведомостям» на молдавском языке). В 1872 г. вся церковная документация перешла на русский язык. На рубеже 1860 и 1870 гг. прекратилось издание книг на молдавском языке в Кишинёвской епархиальной типографии. В 1882 г., к концу пребывания епископа Павла (Лебедева) на Кишинёвской кафедре, насчитывалось 1026 церквей, из них в 417 храмах богослужение совершалось на молдавском языке (в 207 – исключительно на молдавском, в 210 – на молдавском и церковнославянском языках). В 1870 гг. одновременно с упразднением «излишних» приходов закрывались и церковноприходские школы (или преобразовывались в казённые или земские). В октябре 1871 г. епископ Павел (Лебедев) призвал духовенство «поддерживать в народе готовность и стремление заводить народные школы», в 1872 г. инициировал соответствующее решение Кишинёвского епархиального съезда, в результате церковные школы преобразовывались в народные.