Указом императора Александра I от 27 марта 1808 г. митрополит Гавриил (Банулеску-Бодони), живший на покое в Дубоссарах, был назначен членом Святейшего Синода Русской церкви и синодальным экзархом в Молдавии, Валахии и Бессарабии, которые управлялись русской администрацией. Был восстановлен Молдо-Влахийский экзархат Русской церкви (учреждён в 1792 г.). Синод предписал митрополиту Гавриилу (Банулеску-Бодони) принять паству в Дунайских княжествах. 22 мая 1808 г. митрополит Гавриил (Банулеску-Бодони) переехал в Яссы, его кафедрой стал Георгиевский собор. При нём работала экзаршеская дикастерия, вместо ранее существовавшего духовного судилища была образована Молдавская митрополитанская консистория. Процесс перехода православных храмов и монастырей Молдавии, Валахии и Бессарабии в состав Экзархата был непростым, в первую очередь, вследствие сопротивления греков – настоятелей многочисленных «преклонённых» монастырей – монастырей, приписанных к крупным греческим обителям: афонским, Святогробскому, Синайскому монастырям и др. – или состоявших в юрисдикции различных восточных патриархатов («преклонённые» монастыри выполняли функции подворий, имели обширные владения в Молдавском и Валашском княжествах, где осуществляли управление местным духовенством). Греческое духовенство пользовалось поддержкой английского и французского консульств в Бухаресте. 23 декабря 1808 г. Синод предоставил митрополиту Гавриилу (Банулеску-Бодони) право назначить из местного духовенства новых настоятелей во все монастыри, которые к тому времени были «преклонены» к заграничным монастырям и патриархатам. Однако это право не было реализовано, т.к. его опротестовали молдавский господарь Скарлат Каллимаки и французский вице-консул. При их поддержке юрисдикцию митрополита Гавриила (Банулеску-Бодони) оспорили управлявшие «преклонёнными» монастырями безместные греческие архиереи: митрополит Иринопольский Григорий (настоятель Голийского Вознесенского монастыря), митрополит Евхаитский Феоклит (настоятель Арон-Водского Вознесенского монастыря), митрополит Эдесский Серафим (настоятель ботошанского Николаевского монастыря), митрополит Анамийский Паисий (настоятель ясского Галатского Вознесенского монастыря и Михайловского собора в Кишинёве, «преклонённых» к Иерусалимскому патриархату), а также четыре архимандрита: настоятель ясского Трёхсвятительского монастыря Серафим, настоятель Побратского Николаевского монастыря Анфим, настоятель ясского Свято-Саввского монастыря Григорий и настоятель Кэприана в честь Успения Пресвятой Богородицы монастыря под Кишинёвом Анфим. Становление русской церковной администрации в Молдавии, Валахии и Бессарабии усложнялось ещё и тем, что там оставались два румынских архиерея, не признавшие экзаршество митрополита Гавриила (Банулеску-Бодони): Хотинский епископ Амфилохий (ум. в 1814 г.) и управлявший в 1780–1788 гг. Проилавской митрополией митрополит Проилавский, Ренийский и всея Ханской Украины Кирилл, в 1803 г. живший в Дубоссарах. 20 декабря 1809 г. митрополит Гавриил (Банулеску-Бодони) написал в Синод рапорт об окончательном упразднении Проилавской епархии и титулярного Проилавского епископства, основываясь на том, что проживавший на покое митрополит Кирилл «стар и немощен», а поставленный в 1803 г. Проилавский митрополит Парфений после начала Русско-турецкой войны в 1806 г. бежал в Константинополь.