В 1856–1878 гг. приходы Южной Бессарабии были в составе Молдавского княжества, затем Румынии (основанием для образования Румынии стала Парижская конвенция 7 августа 1858 г., которая предусматривала создание некоторых общих для Москвы и Валахии органов управления, но сохраняла вместе с тем реальную власть в руках господаря. В январе 1859 г. на престол и в Молдове, и в Валахии был избран Александру Куза, в ноябре 1861 г. ведущие европейские державы (Франция, Россия, Великобритания и Австрия) согласились с объединением этих княжеств; в январе 1862 г. в Бухаресте было созвано единое Национальное собрание, и создано единое правительство, что завершило объединение Молдовы и Валахии в Румынское княжество. В 1864–1878 гг. они составляли Нижнедунайскую епархию Румынской церкви, которая в 1878 г. (после возвращения региона в состав Российской империи) была присоединена к Кишинёвской епархии. В 1918–1944 гг. (с перерывом в 1940–1941 гг.), когда Бессарабия принадлежала Румынии, на её территории действовала Бессарабская митрополия, внутри которой были образованы новые епархии (Бельцкая и Хотинская; Четатя-Албская и Измаильская). В 1940–1941 гг., после вхождения Бессарабии в СССР, Кишинёвская епархия воссоединилась с РПЦ. С 1944 г. епархия находилась в границах Молдавской ССР, в 1945 г. для бывшей ранее в составе Бессарабии Измаильской области была учреждена Измаильская кафедра. В 1944 г. в Кишинёвскую епархию вошли открытые в 1941–1944 гг. храмы на территории приднестровских районов существовавшей в 1924–1940 гг. в составе Украинской ССР Молдавской АССР (Тираспольский, Дубоссарский, Рыбницкий, Каменский, Григориопольский, Слободзейский). Раньше эти земли входили частично в Каменец-Подольскую, частично в Херсонскую епархии. После провозглашения независимости Молдавии в 1991 г. и дарования в следующем году решением Синода РПЦ православной церкви Молдовы самостоятельности в делах церковно-хозяйственных, церковно-административных, школьно-просветительских и церковно-гражданских на территории Молдавии были образованы новые самостоятельные кафедры. Из Кишинёвской епархии были выделены: Кагульская и Комратская, Единецкая и Бричанская, Тираспольская и Дубоссарская (1998 г.), Бельцкая и Фалештская, Унгенская и Ниспоренская (2006 г.) епархии. В 2010 г. Священный Синод Молдавской церкви постановил перевести в состав Кишинёвской епархии семь приходов района Рышкань и Рудянский во имя Святой Троицы монастырь, принадлежавшие раньше Единецкой епархии.